起诉后还清撤诉通常不会留下案底，但具体还需根据案件性质来判断。以下是从不同角度对这一问题的详细分析：
一、案底的定义及产生条件
案底，通常指的是一个人在司法机关的犯罪记录或涉案记录，它直接关联于法院的有罪判决。也就是说，只有经过法院的有罪判决，才会产生案底。如果案件在诉讼过程中被撤诉，且没有进入有罪判决环节，那么就不会产生案底。
二、起诉后还清撤诉的法律后果
自诉案件：
- 在自诉案件中，如果被害人（自诉人）在起诉后选择撤诉，并且得到法院的准许，那么案件将终止审理，不会进入有罪判决环节。
- 根据《中华人民共和国刑事诉讼法》的相关规定，自诉人撤诉属于“依照刑法告诉才处理的犯罪，没有告诉或者撤回告诉的”情形，不追究刑事责任。因此，自诉案件撤诉后不会留下案底。
公诉案件：
- 在公诉案件中，情况可能略有不同。如果公诉案件在起诉后，被告人还清了相关款项（如赔偿款、罚金等），并且得到了被害人的谅解，被害人可能选择不追究被告人的刑事责任，或者向法院提出撤诉申请。
- 然而，公诉案件的撤诉并非完全由被害人决定，还需要经过检察院的审查。如果检察院认为撤诉符合法律规定，且不会损害国家利益、社会公共利益或他人合法权益，那么可能会准许撤诉。
- 即使公诉案件撤诉，由于案件已经进入了司法程序，且可能涉及公共利益，因此是否留下案底还需根据具体情况判断。但一般来说，如果撤诉后没有进入有罪判决环节，且没有其他违法犯罪行为，那么通常不会留下案底。不过，需要注意的是，公诉案件的撤诉记录可能会在司法机关的档案中留存，但这并不等同于案底。
三、实际案例与法律建议
- 实际案例：在实际操作中，有许多自诉案件因为被害人撤诉而终止审理，且没有留下案底。例如，一些因侮辱、诽谤等轻微犯罪行为引发的自诉案件，在被告人道歉并赔偿损失后，被害人选择撤诉，案件得以圆满解决。
- 法律建议：
- 如果您是自诉案件的被告人，且已经还清了相关款项并得到了被害人的谅解，那么可以积极与被害人沟通，争取其撤诉。
- 如果您是公诉案件的被告人，且希望撤诉以避免留下案底，那么需要积极与检察院沟通，说明撤诉的理由和依据，并争取其准许。
- 无论哪种情况，都建议您在撤诉前咨询专业律师的意见，以确保您的权益得到充分保障。
四、特殊情况说明
- 需要注意的是，即使撤诉后没有留下案底，但如果您在之前的诉讼过程中有违法犯罪行为（如伪造证据、妨碍诉讼等），那么这些行为可能会被司法机关记录在案，并可能对您产生不利影响。
- 此外，如果撤诉后您再次实施违法犯罪行为，那么之前的撤诉记录可能会作为您前科劣迹的一部分被考虑在内。
综上所述，起诉后还清撤诉通常不会留下案底，但具体还需根据案件性质来判断。如果您有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。