针对您提出的“运输假烟100条价值不超5万怎么处罚”的问题，以下是我根据相关法律法规及实践情况给出的详细解答：
首先，需要明确的是，运输假烟无论数量多少、价值高低，都是违法行为，将受到法律的制裁。对于您提到的具体情况，即运输假烟100条且价值不超过5万元，处罚措施将主要依据《中华人民共和国烟草专卖法》及其实施条例，以及《中华人民共和国刑法》中关于非法经营和生产、销售伪劣产品的相关规定。
行政处罚方面
罚款：根据违法情节，您可能会面临违法运输的烟草专卖品价值20%至50%的罚款。这意味着，如果假烟的价值被评估为接近5万元，罚款金额可能会相对较高。
没收违法所得：如果您因运输假烟而获得了任何收入，这部分收入将被烟草专卖行政主管部门没收。
收购烟草专卖品：在特定情况下，烟草专卖行政主管部门可能会按照查获地省级烟草专卖行政主管部门出具的上年度烟叶平均收购价格的70%收购违法运输的烟叶（虽然您的情况不涉及烟叶，但此规定适用于其他烟草专卖品），或者按照市场批发价格的70%收购违法运输的其他烟草专卖品。不过，在您的情况下，由于运输的是假烟，更可能的是直接没收而非收购。
特殊情形下的处理
情节轻微：如果您是首次违法，且主动配合调查、认错态度良好，烟草专卖行政主管部门可能会根据具体情况从轻、减轻处罚，如降低罚款金额等。
情节严重：尽管您运输的假烟价值未超过5万元，但如果您存在多次违法、抗拒检查或其他严重情节（如利用伪装或特种车辆逃避检查等），处罚将更加严厉。这可能包括更高的罚款、没收违法运输的烟草专卖品，以及可能的刑事责任追究。
刑事责任方面
非法经营罪：运输假烟属于非法经营行为。虽然您运输的假烟价值未超过5万元，但如果存在其他严重情节（如多次非法经营、造成恶劣影响等），可能触犯非法经营罪。根据《中华人民共和国刑法》的相关规定，非法经营罪情节严重的可处五年以下有期徒刑或者拘役，并处或者单处违法所得一倍以上五倍以下罚金。
生产、销售伪劣产品罪：虽然您的情况主要涉及运输环节，但如果运输的假烟被认定为伪劣产品，且您明知是伪劣产品而运输，也可能构成生产、销售伪劣产品罪的共犯。不过，这一罪名的成立通常需要更充分的证据证明您与生产、销售环节的关联。
结论与建议
综上所述，运输假烟100条价值不超过5万元，您可能面临罚款、没收违法所得等行政处罚，以及在特定情况下可能面临的刑事责任追究。因此，我强烈建议您严格遵守烟草专卖法律法规，避免从事任何非法运输烟草专卖品的行为。如果您已经涉及此类违法行为，建议尽快咨询专业律师，以便更准确地了解可能的法律后果，并积极配合调查，争取从轻处理。