结论前置：在取保候审期间违法犯罪，司法机关将依法没收部分或全部保证金，并可能变更强制措施为逮捕，对新罪与原罪实行数罪并罚。具体处理取决于违法犯罪的性质和情节。
一、保证金没收的具体情形
根据《中华人民共和国刑事诉讼法》第七十一条的规定，被取保候审的犯罪嫌疑人、被告人应遵守特定规定，如未经执行机关批准不得离开所居住的市、县，及时到案，不得干扰证人作证，不得毁灭、伪造证据或者串供等。若违反这些规定，已交纳的保证金可以部分或者全部没收。违法犯罪行为显然严重违反了取保候审的规定，司法机关有权依法没收保证金。
具体来说，以下是一些常见的违法犯罪行为，这些行为都可能导致保证金被没收：
- 未经执行机关批准擅自离开所居住的市、县：例如，擅自前往外地探亲、旅游或工作，未向执行机关报告并获得批准。
- 干扰证人作证：包括威胁、贿赂证人或通过其他方式影响证言真实性，试图掩盖自己的违法犯罪行为。
- 毁灭、伪造证据或者串供：如销毁作案工具、篡改电子数据或与同案犯统一口径，以逃避法律制裁。
- 再次实施违法犯罪行为：在取保候审期间涉嫌新的盗窃、诈骗、暴力等犯罪行为，这表明被取保候审人没有悔改表现，社会危险性大。
二、保证金没收的幅度与程序
没收的幅度：
- 部分没收：适用于新犯罪情节较轻，对原案件司法程序影响较小的情况。例如，因轻微冲突构成的犯罪，且未实质性干扰原案件的调查和审判。
- 全部没收：适用于新犯罪性质严重，或对原案件司法程序造成重大干扰的情况。例如，严重暴力犯罪或故意逃避侦查、审判的行为。
没收的程序：
- 决定主体：一般由负责执行取保候审的公安机关或相关司法机关进行审查和决定。
- 程序要求：发现被取保候审人违法犯罪后，执行机关会调查核实，收集证据，并按照法定程序制作没收保证金的决定书，告知被取保候审人及其家属原因和依据。
三、保证金没收后的法律后果
变更强制措施：
- 因违法犯罪行为表明被取保候审人具有较大人身危险性，司法机关通常会变更取保候审为逮捕等更严格的强制措施，以确保诉讼程序的顺利进行。
数罪并罚：
- 新罪与原罪将分别处理，按照数罪并罚原则判决。除死刑和无期徒刑外，一般在总和刑期以下、数刑中最高刑期以上酌情决定执行刑期。新罪被视为加重情节，可能导致比单独处罚两罪更重的刑罚。
对原案件的影响：
- 违法犯罪行为并被没收保证金表明被取保候审人社会危险性和主观恶性大，可能导致司法机关对原案件处理态度更加严厉，量刑时考虑作为加重处罚的情节。
四、实际案例与法律建议
实际案例：
假设某人在取保候审期间因涉嫌新的诈骗犯罪被公安机关立案侦查。在此情况下，司法机关将依法没收其部分或全部保证金，并可能变更强制措施为逮捕。最终，该人因新罪与原罪被数罪并罚，受到了更严厉的刑罚。
法律建议：
- 严格遵守取保候审规定：被取保候审人应严格遵守相关法律法规和执行机关的要求，不得有任何违法犯罪行为。
- 及时报告变动情况：如住址、工作单位和联系方式发生变动，应及时向执行机关报告，以便司法机关能够随时掌控其行踪。
- 积极配合司法程序：在传讯时应及时到案，不得干扰证人作证或毁灭、伪造证据，以维护司法公正和程序正义。
若你在取保候审期间遇到任何法律问题或困惑，可以直接向我咨询。我会根据你的具体情况提供详细的法律咨询和指导，帮助你更好地了解相关法律规定并维护自己的合法权益。