关于病假是否会扣年终奖的问题，结论前置如下：
- 若劳动合同或公司规章制度中有明确规定，且规定合法合理，那么病假可能会影响年终奖的发放，具体扣除方式需依据规定执行。
- 若劳动合同或公司规章制度中无明确规定，则用人单位不能随意以员工请病假为由扣除年终奖，年终奖的发放应综合考虑员工的实际工作表现和贡献。
详细分析如下：
一、劳动合同与公司规章制度的影响
有明确规定：
- 如果劳动合同或公司规章制度中明确规定了病假与年终奖的关系，比如规定病假达到一定天数会扣除年终奖，且这些规定不违反法律法规的强制性规定，那么用人单位有权按照这些规定执行。这种情况下，员工请病假确实可能会影响到年终奖的发放。
- 示例：某公司规章制度规定，全年病假累计超过30天的员工，年终奖将扣除50%。若某员工全年病假累计达到了40天，那么根据规定，其年终奖将被扣除50%。
无明确规定：
- 在没有明确规定的情况下，用人单位不能随意以员工请病假为由扣除其年终奖。年终奖的发放应遵循公平合理、诚实信用的原则，考虑员工的实际绩效和贡献。
- 示例：某公司没有规定病假与年终奖的关系，但某员工因病请假了一个月。在年终时，公司不能仅因该员工请了病假就扣除其年终奖，而应综合考虑其全年的工作表现和贡献来决定是否发放年终奖及发放的数额。
二、员工实际工作表现和贡献的考量
- 员工的工作表现和贡献是决定是否发放年终奖的重要因素。即使员工请了病假，但如果其在正常工作期间表现出色、业绩突出，对公司有较大贡献，公司仍可能会酌情发放年终奖。
- 反之，如果员工平时工作表现一般，且病假时间较长，影响了工作进度和团队协作，公司可能会减少或不发放年终奖。这体现了用人单位对员工绩效的考核和奖励机制。
三、法律层面的规定与保障
- 年终奖并非法定福利，法律并未强制要求公司必须发放。因此，公司有权根据自身的经营状况、员工的绩效等因素来决定是否发放以及发放的金额。
- 然而，如果劳动合同中有关于年终奖的明确约定，公司应当按照约定执行，不能因员工请病假而随意取消或扣减，除非员工的病假情况符合合同中约定的扣除条件。
- 法律依据：根据《中华人民共和国劳动法》第四十七条，用人单位根据本单位的生产经营特点和经济效益，依法自主确定本单位的工资分配方式和工资水平。同时，根据《中华人民共和国劳动合同法》第三十条，用人单位应当按照劳动合同约定和国家规定，向劳动者及时足额支付劳动报酬。
四、特殊情况的处理与建议
- 对于处于法定医疗期内的员工，用人单位在处理年终奖时应更加谨慎。虽然法律未强制要求必须发放年终奖，但用人单位应考虑员工的实际情况和医疗期的特殊性，按照公平合理的原则进行处理。
- 建议：员工在面对此类问题时，应首先了解公司的具体政策和规定，以及劳动合同中的相关约定。如有疑问或争议，可及时与用人单位沟通协商，或寻求法律帮助以维护自己的合法权益。
总结与提醒：
病假是否会扣年终奖并没有一个统一的答案，它取决于劳动合同的约定、公司规章制度的规定、员工的实际工作表现和贡献，以及法律法规的规定。因此，在处理此类问题时，应综合考虑上述因素，确保既维护用人单位的自主权，又保障劳动者的合法权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。