结论：抵押登记的车子由于逾期但已经还款的情况下，是否会被拖走取决于多个因素，包括合同约定、法律程序以及债权人的具体行为。一般情况下，如果已经还款，且没有其他违约行为，车子不应被拖走。以下是对此问题的详细分析：
一、合同约定
还款与拖车条款：
- 在抵押贷款合同中，通常会明确约定逾期还款的处理方式，包括是否允许拖车以及拖车的具体条件和程序。
- 如果合同中规定，在逾期还款后，即使后续还款，债权人仍有权拖车，那么这种约定在法律上是有效的，但需注意，此类条款可能因显失公平而被法院调整或认定无效，特别是当它严重损害债务人利益时。
- 更常见且合理的约定是，在债务人还清逾期款项后，债权人应停止采取进一步措施，包括拖车。
合同解释与履行：
- 如果合同条款存在模糊或歧义，应倾向于保护债务人的利益进行解释。
- 双方应按照合同约定履行各自义务，如果债权人违反合同约定拖车，债务人可以依法维权。
二、法律程序
合法拖车程序：
- 即使合同中有拖车条款，债权人也应通过合法途径进行拖车，如向法院申请强制执行等。
- 在未经过法律程序或债务人同意的情况下，私自拖车可能构成侵权行为，债务人可以要求债权人承担侵权责任。
还款后的法律状态：
- 一旦债务人还清逾期款项，其与债权人之间的债权债务关系即得到部分履行，债权人的权利应受到相应限制。
- 在没有其他合法依据的情况下，债权人无权继续采取拖车等强制措施。
三、债权人行为
通知与告知义务：
- 在拖车之前，债权人通常应提前通知债务人，并给予其一定的宽限期以履行还款义务。
- 如果债权人未履行通知义务或拖车行为超出合同约定和法律规定的范围，债务人可以依法提出异议。
避免非法拖车：
- 债权人应避免采取非法手段拖车，以免引发不必要的法律纠纷和赔偿责任。
- 如果债权人非法拖车，债务人可以报警处理，并依法追究债权人的法律责任。
四、建议与措施
核实还款情况：
- 债务人应首先核实自己的还款情况，确保所有逾期款项均已还清。
与债权人沟通：
- 如果车子被拖走，债务人应尽快与债权人沟通，了解拖车原因，并要求债权人提供合法依据。
依法维权：
- 如果债权人无法提供合法依据或拖车行为违反合同约定和法律规定，债务人可以依法向法院提起诉讼，要求债权人返还车辆并赔偿损失。
总结来说，抵押登记的车子由于逾期但已经还款的情况下，一般不应被拖走。如果发生此类情况，债务人应核实还款情况、与债权人沟通，并依法维权。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。