在工伤认定环节，如果劳动者不配合调查，公司可以采取以下措施来应对，以确保工伤认定流程的顺利进行并维护公司的合法权益：

1. 积极沟通，了解原因：

   • 目的：首先，公司应尝试与劳动者进行友好沟通，了解其不配合的具体原因。可能是劳动者对工伤认定流程不了解，或者存在某些顾虑和担忧。
   • 行动：通过耐心解释工伤认定的意义、流程以及对劳动者权益的保障作用，如医疗费用报销、停工留薪期工资等，来消除劳动者的误解和顾虑。同时，承诺公司会保障劳动者在工伤认定过程中的合法权益，不因工伤认定对劳动者进行不利处理。

2. 提供政策指导与协助：

   • 内容：向劳动者提供相关的法律法规、政策文件，或邀请专业人士进行讲解，帮助劳动者更好地理解工伤认定的重要性和必要性。
   • 协助：如果劳动者因手续繁琐或材料准备困难而不配合，公司应安排专人协助准备所需材料，如劳动合同、工资单、医疗证明等，并帮助完成各项手续的办理。

3. 保留证据，自行申请：

   • 证据保留：在与劳动者沟通、协助过程中，公司应注意保留好相关证据，如聊天记录、书面通知、会议纪要等，以备不时之需。
   • 自行申请：若劳动者仍不配合，公司应在规定时间内（如事故伤害发生之日或被诊断、鉴定为职业病之日起30日内）自行向劳动保障行政部门提交工伤认定申请，并准备充分的申请材料，包括工伤认定申请表、劳动关系证明材料、医疗机构诊断证明等。

4. 寻求第三方调解或法律途径：

   • 第三方调解：若直接沟通效果不佳，公司可考虑引入中立的第三方机构进行调解，如劳动争议调解组织、工会等，以促成双方达成共识。
   • 法律途径：在极端情况下，如劳动者的不配合行为严重影响了工伤认定的进程，公司可向工伤认定机构书面说明情况，请求其依职权调查核实。必要时，公司还可依法向劳动争议仲裁委员会申请仲裁或向人民法院提起诉讼，以维护自身的合法权益。

5. 注意法律程序与合规性：

   • 遵循法定程序：在整个过程中，公司应严格遵循《工伤保险条例》及其他相关法律法规的规定，确保自身行为合法合规。
   • 维护双方权益：公司应积极维护自身及劳动者的合法权益，避免因程序不当或沟通不畅而导致不必要的法律纠纷。

特殊情况处理：

• 如果劳动者不配合是由于对工伤认定结果存在担忧或误解，公司可以邀请专业的医疗或法律人士进行解释和说明，以消除劳动者的顾虑。
• 如果劳动者存在心理抵触或情绪问题，公司可以安排心理辅导或提供必要的支持，以帮助劳动者积极面对工伤认定和后续治疗。

单位责任反思：

• 如果劳动者不配合是由于公司之前的不当行为或管理问题导致的，公司应首先进行自我反省和整改，以重建劳动者的信任。例如，改善工作环境、加强安全管理、提高员工福利等，以减少工伤事故的发生和劳动者的抵触情绪。

总之，面对工伤认定环节劳动者不配合调查的情况，公司应采取积极、合法且有效的措施来应对。通过积极沟通、提供协助、保留证据、寻求法律途径以及注意合规性和特殊情况的处理，公司既能有效保障劳动者的合法权益，也能维护自身的正常管理秩序和合法权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。