结论：拆迁协议甲方盖的是棚户区改造安置办公室的章是否合理，需根据该办公室是否具备签订拆迁协议的主体资格以及是否获得相应授权来判断。以下从不同角度进行分析：

1. 主体资格角度：

   • 具备主体资格：如果棚户区改造安置办公室是依法设立，且其职责范围明确包括负责棚户区改造项目的拆迁安置工作，那么它作为拆迁协议的甲方，在协议上盖章是合理的。因为这意味着它有权代表政府或相关部门进行拆迁安置工作，并签订相关协议。
   • 不具备主体资格：如果棚户区改造安置办公室并非依法设立，或者其职责范围并不包括签订拆迁协议，那么它作为拆迁协议的甲方在协议上盖章则是不合理的。这种情况下，该办公室可能无权代表政府或相关部门进行拆迁安置工作，其签订的协议也可能因此无效。

2. 授权角度：

   • 获得授权：即使棚户区改造安置办公室本身不具备签订拆迁协议的主体资格，但如果它获得了政府或相关部门的明确授权，代表政府或相关部门进行拆迁安置工作并签订协议，那么它在协议上盖章也是合理的。这种情况下，该办公室的行为被视为政府或相关部门的代理行为，其签订的协议具有法律效力。
   • 未获得授权：如果棚户区改造安置办公室未获得政府或相关部门的授权，就擅自以甲方身份在拆迁协议上盖章，那么这种行为是不合理的。因为该办公室无权代表政府或相关部门进行拆迁安置工作，其签订的协议也可能因此无效或存在法律风险。

法律建议：

• 在签订拆迁协议前，务必核实棚户区改造安置办公室的主体资格和授权情况。可以通过查询相关政府文件、公告或咨询相关部门来获取准确信息。
• 如果对棚户区改造安置办公室的主体资格或授权情况存在疑问，建议不要轻易签订拆迁协议，以免后续产生法律纠纷。
• 如果已经签订了拆迁协议，但发现棚户区改造安置办公室的主体资格或授权存在问题，建议及时咨询专业律师，了解自己的权益和可能的法律救济途径。

可能法律后果：

• 如果棚户区改造安置办公室不具备签订拆迁协议的主体资格或未获得授权，那么其签订的拆迁协议可能被视为无效协议。这意味着协议中的条款对双方不具有法律约束力，双方可能无法依据协议主张权利或履行义务。
• 在这种情况下，如果拆迁工作已经进行或完成，可能会引发一系列法律纠纷和争议，如拆迁补偿、安置等问题。因此，在签订拆迁协议前务必谨慎核实相关情况。