您好，关于您提出的“收入证明是否可以算补充协议”的问题，我需要为您详细解释一下。

首先，我们要明确收入证明和补充协议的性质和用途。收入证明，通常是由用人单位出具，用于证明员工在一定时期内的收入情况，它主要用于贷款、签证等需要证明经济能力的场合。而补充协议，则是对原有合同或协议的补充或修改，它通常包含对原有条款的变更、新增或删除，需要双方协商一致并签字确认。

从法律角度来看，收入证明并不具备补充协议的法律效力。收入证明只是单方面证明员工的收入情况，它并不涉及对原有合同或协议的任何修改或补充。而补充协议，则是双方对原有合同或协议的共同意愿表达，具有法律约束力。

以您提供的案例为例，小陈虽然获得了水果店出具的《个人收入证明》，但这并不能证明他与水果店存在劳动关系，更不能将这份收入证明视为对原有《运输协议》的补充或修改。法院在审理时，也是结合了双方的实际履行情况、权利义务约定以及人身从属性、经济从属性等多方面因素进行综合判断，最终认定小陈与水果店不存在劳动关系。

因此，我建议您，如果需要对原有合同或协议进行补充或修改，应该与对方协商一致，并签订正式的补充协议。而收入证明，则只应作为证明收入情况的单方面文件使用，不应将其视为具有法律效力的补充协议。

希望以上解答能够对您有所帮助，如果您还有其他问题或需要进一步的解释，请随时告诉我。