结论：国家发改委同一母公司所属的两个子公司能否参与同一项目的投标，需根据具体情况判断，主要看是否构成“相互串通投标”或“视为相互串通投标”的情形，以及招标文件是否有限制性规定。以下从不同角度详细分析：

一、法律法规层面

1. 《招标投标法》及其实施条例的相关规定

   • 根据《招标投标法》第三十二条：“投标人不得相互串通投标报价，不得排挤其他投标人的公平竞争，损害招标人或者其他投标人的合法权益。投标人不得与招标人串通投标，损害国家利益、社会公共利益或者他人的合法权益。”
   • 《招标投标法实施条例》第三十九条进一步明确了“视为投标人相互串通投标”的几种情形，包括但不限于：不同投标人的投标文件由同一单位或者个人编制；不同投标人委托同一单位或者个人办理投标事宜；不同投标人的投标文件载明的项目管理成员为同一人；不同投标人的投标文件异常一致或者投标报价呈规律性差异；不同投标人的投标文件相互混装；不同投标人的投标保证金从同一单位或者个人的账户转出等。
   • 分析：如果同一母公司下的两个子公司存在上述情形之一，即可能被视为相互串通投标，从而被禁止参与同一项目的投标。

2. 《公司法》的相关规定

   • 《公司法》主要规范公司的组织和行为，对于子公司参与投标的问题，并未直接规定。但子公司作为独立的法人实体，应独立承担民事责任，其投标行为应受《招标投标法》等法律法规的约束。
   • 分析：子公司虽受母公司控制，但在法律上具有独立地位，其投标行为应独立判断，除非存在上述串通投标的情形。

二、招标文件层面

• 招标文件是招标活动的法律性文件，其中可能包含对投标人资格、投标行为等方面的具体要求。
• 分析：如果招标文件明确规定禁止同一母公司下的多个子公司参与同一项目的投标，那么这些子公司将不能参与。因此，在参与投标前，应仔细阅读招标文件，了解其中的限制性规定。

三、实际操作层面

1. 避免串通投标的风险

   • 同一母公司下的两个子公司在参与同一项目投标时，应特别注意避免出现上述视为串通投标的情形，如使用不同的团队编制投标文件、避免项目管理成员的重复等。
   • 建议：子公司可以制定内部合规制度，明确投标行为的规范，确保在参与投标时遵守相关法律法规和招标文件的要求。

2. 与招标人的沟通

   • 在参与投标前，子公司可以与招标人进行沟通，了解招标人对同一母公司下多个子公司参与投标的态度和相关要求。
   • 分析：通过沟通，子公司可以更好地了解招标人的需求，避免因误解或忽视相关规定而导致投标无效或受到处罚。

四、法律后果层面

• 如果同一母公司下的两个子公司被认定为相互串通投标，将可能面临以下法律后果：
  • 投标无效；
  • 被处以罚款；
  • 取消在一定期限内参加依法必须进行招标的项目的投标资格；
  • 构成犯罪的，依法追究刑事责任。

总结与建议：国家发改委同一母公司所属的两个子公司能否参与同一项目的投标，需根据具体情况判断。在参与投标前，子公司应仔细阅读招标文件，了解其中的限制性规定；同时，应特别注意避免出现视为串通投标的情形。如有任何疑问或需要进一步的法律建议，请直接向我咨询。