结论：当您已经还清借款但对方声称借条找不到时，为确保自身权益不受损害，您应当要求对方出具一份详细的收款证明或还款确认书，并保留好相关还款证据。以下是从多个角度为您详细分析的建议：
一、出具收款证明或还款确认书
内容要求：
- 明确借款人和出借人的基本信息，包括姓名、身份证号码。
- 详细说明借款的日期、金额以及还款的日期、方式和总金额。
- 特别指出原借条丢失的情况，并声明该借条作废。
- 确认双方基于该笔借款的债权债务关系已全部结清，无任何争议。
书写要点：
- 标题居中书写“收款证明/还款确认书”，字体稍大以突出。
- 正文部分详细、清晰地阐述上述内容。
- 借款人和出借人均需签字捺印，以确保文件的法律效力。
- 注明双方的联系电话和签署日期，便于日后核实和联系。
附加措施：
- 如果条件允许，可以邀请第三方见证人在场见证整个还款及出具证明的过程，并让见证人在文件上签字。
- 考虑对确认书进行公证，以增强其法律效力和可信度。
二、保留还款证据
电子支付记录：
- 如果您是通过银行转账、微信、支付宝等电子方式还款的，务必保存好转账记录截图或电子凭证。
- 确保记录清晰显示转账时间、金额及双方账户信息。
现金还款证明：
- 如果您是现金还款的，建议邀请第三方见证，并让其在收条上签字。
- 同时，可考虑录音或录像记录还款过程，以确保有确凿的证据证明还款事实。
三、沟通与记录
坦诚沟通：
- 与对方进行坦诚沟通，说明还款事实，并提供您所掌握的证据。
- 如果对方是讲理的，通常会接受您的解释并确认债务已清偿。
聊天记录留存：
- 通过微信、短信等聊天工具固定借款已还清的事实。
- 聊天记录应体现双方身份、借款及还款情况，并保存好这些沟通记录作为日后可能的证据使用。
四、法律途径
如果对方不配合：
- 如果对方拒绝出具收款证明或还款确认书，或者对还款事实提出质疑，您可考虑通过法律途径解决争议。
- 在此之前，确保您已收集齐所有相关证据，如转账记录、聊天记录、证人证言等。
提起诉讼：
- 向法院提起诉讼，请求确认您已履行还款义务。
- 在诉讼过程中，提供充分证据证明您已还清借款，并要求对方承担相应法律责任。
五、预防未来类似情况
明确约定：
- 在未来的借贷关系中，确保双方都有明确的书面凭证，并妥善保管。
- 明确约定还款方式、期限及借条保管方式等细节，以减少不必要的纠纷和风险。
使用电子支付：
- 考虑使用电子支付等方式留下清晰的交易记录，以便在需要时提供证据。
总结：面对已还款但对方找不到借条的情况，您应保持冷静、坦诚沟通、提供证据，并在必要时通过法律途径解决争议。同时，出具收款证明或还款确认书、保留好相关还款证据以及预防未来类似情况的发生都是非常重要的。如果您有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。