结论：在违停路段停车6分钟是否扣分，需结合具体违停路段性质、当地交通法规及执法实践综合判断，无法一概而论。以下分情况说明：

1. 若违停路段明确禁止停车（含临时停车）

根据《道路交通安全法》第56条及地方实施条例，禁止停车路段（如设有“禁止停车”标志、黄色禁停标线、路口50米内等）通常不允许任何时长停车，即使停车1分钟也可能被认定为违法。此时：

• 处罚依据：违反禁令标志/标线（代码1344/1345），通常罚款200元、扣3分（部分城市可能仅罚款不扣分，需以当地规定为准）；
  
• 执法方式：电子警察抓拍或交警现场执法，部分路段可能通过“违停球”自动抓拍，停车6分钟可能已被记录；
  
• 例外情形：若因紧急避险（如突发疾病、车辆故障）临时停车，可事后向交警部门申诉，需提供证据（如医院诊断证明、维修单据等）。

2. 若违停路段允许临时停车（如限时停车区）

部分路段设有“临时停车”标志，明确允许停车时长（如“限时3分钟”）。此时：

• 超时处罚：若停车超过规定时长（如6分钟），可能被认定为违法停车，处罚标准同上述禁止停车路段；
  
• 取证方式：通常需交警现场测量停车时间，或通过电子设备记录车辆停放时长，超时即触发处罚。

3. 地方性法规的特殊规定

部分城市对违停处罚有细化规定，例如：

• 北京：在设有“禁止长时间停车”标志路段，停车超过3分钟可能被处罚；
  
• 上海：部分路段通过“电子围栏”技术，对违停车辆自动抓拍，停车6分钟大概率被记录；
  
• 广州：对重点区域（如学校、医院周边）违停“零容忍”，即使短时停车也可能被处罚。
  建议：通过当地交警部门官网或APP查询具体路段的停车规定。

4. 执法实践中的“容错机制”

部分地区对短时违停采取“首违警告”或“柔性执法”，例如：

• 首次违停不扣分：部分城市对轻微违停（如停车5分钟内）仅警告不处罚；
  
• 现场劝离优先：若交警现场发现违停，可能先劝离，拒不驶离或无法联系车主时才处罚。
  注意：此类“容错”并非法定权利，是否适用需以当地执法政策为准。

行动建议

1. 立即驶离：若发现车辆停在违停路段，无论时长，应尽快驶离以降低风险；
   
2. 查询记录：可通过“交管12123”APP查询是否有违停记录，避免因未处理导致滞纳金或影响年检；
   
3. 申诉救济：若认为处罚不当（如因紧急情况违停），可在收到处罚决定书后60日内申请行政复议，或6个月内提起行政诉讼。
   

如有进一步疑问，可直接向我咨询具体场景下的法律风险。