结论：您是否可以阻止邻居在自家院子里盖大型猪舍，这主要取决于邻居的行为是否违反了相关法律法规或地方性规定，以及是否对您的合法权益造成了侵害。以下是从不同角度进行的分析：
一、从相邻权角度分析
相邻权的基本原则：
- 根据《民法典》中关于相邻关系的规定，不动产的相邻权利人应当按照有利生产、方便生活、团结互助、公平合理的原则，正确处理相邻关系。
对您的影响：
- 如果邻居建造的大型猪舍导致您家中出现异味、噪音、污染等，影响了您的正常生活和居住环境，那么这可能构成了对您相邻权的侵害。
- 在这种情况下，您有权要求邻居停止侵害、排除妨碍，并可能要求赔偿损失。
二、从城乡规划角度分析
城乡规划的规定：
- 根据《城乡规划法》的相关规定，在乡、村庄规划区内进行乡镇企业、乡村公共设施和公益事业建设的，建设单位或者个人应当向乡、镇人民政府提出申请，由乡、镇人民政府报城市、县人民政府城乡规划主管部门核发乡村建设规划许可证。
- 如果邻居的猪舍建设未取得相应的规划许可，那么这可能属于违法建设。
您的权利：
- 如果邻居的建设行为违反了城乡规划，您可以向当地的城乡规划主管部门举报，要求其依法处理。
- 城乡规划主管部门有权对违法建设进行查处，包括责令停止建设、限期改正、罚款、拆除等。
三、从环境保护角度分析
环境保护的规定：
- 如果邻居的猪舍建设或运营过程中产生了环境污染，如废水、废气、废渣等，那么这可能违反了《环境保护法》等相关法律法规。
您的权利：
- 在这种情况下，您可以向当地的环境保护主管部门举报，要求其依法处理。
- 环境保护主管部门有权对环境污染行为进行查处，包括责令改正、罚款、责令停业或关闭等。
四、建议与行动
与邻居协商：
- 在采取法律行动之前，您可以先尝试与邻居进行友好协商，表达您的关切和诉求，看是否能够达成一个双方都能接受的解决方案。
收集证据：
- 如果协商无果，您需要开始收集相关证据，如照片、视频、录音等，以证明邻居的建设行为对您造成了侵害。
寻求法律帮助：
- 如果您认为自己的合法权益受到了侵害，且无法通过协商解决，那么您可以向我咨询具体的法律途径和策略，包括提起民事诉讼或行政诉讼等。
总结：您是否可以阻止邻居在自家院子里盖大型猪舍，取决于邻居的行为是否违反了相关法律法规或地方性规定，以及是否对您的合法权益造成了侵害。在处理此类问题时，建议您先尝试与邻居协商解决，如果协商无果，再考虑采取法律行动。如有需要，您可以随时向我咨询具体的法律问题。