在能够证明两人存在合作关系，但银行流水账目不清的情况下，判决结果会因具体案情和证据情况而有所不同，无法直接给出确定的判决结果。不过，我可以从几个关键角度为你分析可能的情况：

1. 合作关系的证明与银行流水的作用：

   • 合作关系的证明通常依赖于合同、协议、书面记录、证人证言等多种证据。银行流水虽然能反映资金往来情况，但并非证明合作关系的唯一或决定性证据。
   • 如果银行流水账目不清，但其他证据足以证明合作关系的存在，那么法院在判决时可能会更侧重于其他证据，而银行流水的不清可能仅作为辅助考虑因素。

2. 银行流水账目不清的影响：

   • 银行流水账目不清可能导致法院在认定资金往来、利润分配等关键事实时面临困难。这可能会影响对合作双方权利义务的划分，以及违约责任的判定。
   • 如果银行流水是证明合作双方经济往来的主要证据，且账目不清导致无法准确认定资金数额或流向，那么这可能会对判决结果产生较大影响。

3. 可能的判决方向：

   • 若其他证据充分：如果除了银行流水外，还有其他充分证据证明合作关系的存在及双方的权利义务，那么法院可能会根据这些证据作出判决，而银行流水的不清可能不会对判决结果产生决定性影响。
   • 若证据不足：如果银行流水是证明合作关系或经济往来的关键证据，且账目不清导致证据不足，那么法院可能会要求双方进一步提供证据，或者根据现有证据作出对一方不利的推定。
   • 考虑公平原则：在判决时，法院还会考虑公平原则。如果银行流水账目不清是由于一方的过错导致的，那么法院可能会在判决时对该方作出不利判定。

4. 建议与措施：

   • 收集其他证据：如果银行流水账目不清，建议尽快收集其他能够证明合作关系的证据，如合同、协议、书面记录、证人证言等。
   • 申请司法鉴定：如果银行流水账目存在争议，可以考虑申请司法鉴定，以确定资金往来的真实情况。
   • 咨询专业律师：在处理此类纠纷时，建议咨询专业律师，以便更好地了解法律程序和可能的结果，并制定有效的诉讼策略。

总结来说，银行流水账目不清虽然可能对判决结果产生影响，但并非决定性因素。法院在判决时会综合考虑所有证据和案情，以作出公平、合理的判决。如果你面临此类纠纷，建议尽快收集证据并咨询专业律师，以便更好地维护自己的权益。如果你有任何具体的法律问题或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。