经营过期医疗器械确实要面临没收违法所得的处罚，这是根据我国《医疗器械监督管理条例》等相关法律法规的明确规定。以下是对此问题的详细分析：

一、法律依据与处罚条款

根据《医疗器械监督管理条例》第八十六条第三项的规定，经营过期、失效、淘汰的医疗器械，将由负责药品监督管理的部门责令改正，并面临以下处罚：

1. 没收违法所得：包括因经营过期医疗器械而获得的全部违法收入。
2. 没收违法经营的医疗器械：即所有过期的医疗器械产品都将被收缴。
3. 罚款：
   • 若货值金额不足1万元，并处2万元以上5万元以下罚款；
   • 若货值金额1万元以上，并处货值金额5倍以上20倍以下罚款。

此外，如果情节严重，还可能被责令停产停业，甚至由原发证部门吊销医疗器械经营许可证。对违法单位的法定代表人、主要负责人、直接负责的主管人员和其他责任人员，也将面临没收违法行为发生期间自本单位所获收入，并处所获收入30%以上3倍以下罚款，且10年内禁止其从事医疗器械生产经营活动的严厉处罚。

二、处罚考量因素

在实际执法过程中，监管部门会综合考虑多个因素来确定具体的处罚力度，这些因素包括但不限于：

1. 货值金额：通过销售价格、库存数量等因素综合计算货值金额，作为罚款基数的重要依据。
2. 主观故意与整改态度：若企业能证明对医疗器械过期并不知情，且积极配合整改，处罚可能会相对从轻；反之，若存在主观故意或拒不整改等恶劣情节，处罚将加重。
3. 危害后果：若因经营过期医疗器械导致患者健康受损或造成其他严重后果，处罚将更为严厉，甚至可能构成犯罪，依法追究刑事责任。

三、合规建议

为避免因经营过期医疗器械而受到处罚，企业应采取以下措施确保合规：

1. 建立完善的医疗器械管理制度：明确医疗器械的全流程管理要求，包括采购、验收、储存、使用、维护和报废等各个环节。
2. 定期检查和更新医疗器械：实施定期检查制度，及时发现并处理过期或失效的医疗器械，确保经营的医疗器械均在有效期内。
3. 加强员工培训：定期对员工进行医疗器械管理相关法律法规的培训，提高员工的合规意识和法律意识，确保员工能够正确识别和处理过期医疗器械。

总结来说，经营过期医疗器械是严重的违法行为，不仅将面临没收违法所得和违法经营的医疗器械的处罚，还可能面临高额罚款、停产停业、吊销许可证乃至刑事责任等严厉后果。因此，企业应严格遵守相关法律法规，加强内部管理，确保医疗器械的安全性和有效性。如果您在经营过程中遇到任何法律问题或需要进一步的法律咨询，请直接向我提问，我将竭诚为您提供专业的法律服务。