在交通事故赔偿案件中，农村自建房是否会被法院执行，主要取决于该房屋是否属于被执行人的合法财产且可用于清偿债务。以下从不同角度进行详细分析：
一、农村自建房的产权性质
合法产权：如果农村自建房已经取得了合法的产权证明（如宅基地使用证、房屋所有权证等），且该房屋属于被执行人所有，那么该房屋在法律上是被执行人的财产，有可能被法院执行以清偿交通事故赔偿债务。
非法产权或权属争议：如果农村自建房没有合法的产权证明，或者存在权属争议，那么法院在执行过程中可能会面临法律障碍。在这种情况下，法院需要先解决产权问题，才能决定是否执行该房屋。
二、执行条件与程序
执行条件：根据《中华人民共和国民事诉讼法》的相关规定，法院执行财产需要满足一定的条件，包括被执行人未履行生效法律文书确定的义务、财产属于被执行人所有且可用于清偿债务等。对于农村自建房，法院需要核实其产权归属和是否可用于清偿债务。
执行程序：如果法院决定执行农村自建房，通常会遵循以下程序：首先，对房屋进行评估，确定其市场价值；其次，发布执行公告，通知被执行人和其他相关权利人；最后，通过拍卖、变卖等方式将房屋变现，用于清偿债务。
三、特殊情况与限制
生活必需住房：如果农村自建房是被执行人及其所扶养家属生活所必需的居住房屋，根据相关法律规定，法院在执行时可能会予以保留，或者采取其他方式保障被执行人的基本居住需求。
政策限制：在某些地区，农村自建房可能受到政策限制，如禁止买卖、转让等。这些政策限制可能会影响法院的执行程序，需要法院在执行过程中予以考虑。
四、实际操作建议
核实产权：在交通事故赔偿案件中，如果涉及农村自建房的执行问题，建议首先核实该房屋的产权归属和合法性。
咨询专业律师：由于农村自建房的执行问题可能涉及复杂的法律关系和政策限制，建议咨询专业律师以获取更具体的法律建议和操作指导。
积极配合法院执行：如果被执行人拥有合法的农村自建房且需要用于清偿债务，建议积极配合法院的执行程序，以避免不必要的法律纠纷和损失。
总结来说，农村自建房在交通事故赔偿案件中是否会被法院执行，取决于其产权性质、执行条件与程序以及特殊情况与限制。如果有具体的法律问题或需要进一步的法律建议，可以直接向我咨询。