结论：学校在中途离职时要求扣除原本合同中说明免费的生活费、住宿费三万元，这一做法一般是不合法的。以下从多个角度进行分析：

合同约定角度

1. 合同具有法律约束力：根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，依法成立的合同，对当事人具有法律约束力。当事人应当按照约定履行自己的义务，不得擅自变更或者解除合同。在本案例中，合同中明确说明生活费、住宿费是免费的，这是双方约定的内容，学校应当遵守。

2. 学校无权单方面变更合同：如果学校想要变更合同内容，比如要求扣除生活费、住宿费，必须与劳动者协商一致，并签订书面变更协议。学校单方面要求扣除费用，违反了合同约定，也违反了法律规定。

费用扣除合法性角度

1. 无合法依据的扣除不合法：学校要求扣除生活费、住宿费，必须要有合法的依据。如果合同中没有约定离职时需要扣除这些费用，或者没有相关的法律法规支持学校的这一做法，那么学校的扣除行为就是不合法的。

2. 可能涉及违法收费：如果学校在没有合法依据的情况下扣除费用，还可能涉嫌违法收费。劳动者有权向相关部门投诉，维护自己的合法权益。

劳动者权益保护角度

1. 劳动者有权拒绝非法扣除：作为劳动者，你有权拒绝学校非法扣除生活费、住宿费的要求。如果学校坚持扣除，你可以向学校提出异议，并要求学校提供合法的扣除依据。

2. 劳动者可以寻求法律援助：如果学校无视你的异议，继续非法扣除费用，你可以向当地的劳动监察部门投诉，或者寻求法律援助，通过法律途径维护自己的合法权益。

实际操作建议

1. 与学校协商：首先，你可以尝试与学校进行协商，明确表达你的立场和诉求，要求学校遵守合同约定，不要非法扣除费用。

2. 收集证据：如果协商无果，你需要收集相关证据，如合同、工资条、扣除费用的通知等，以证明学校的非法扣除行为。

3. 寻求法律帮助：在收集好证据后，你可以向我这样的专业律师咨询，了解具体的法律途径和维权策略。必要时，你可以通过法律诉讼来维护自己的合法权益。

总结：学校在中途离职时要求扣除原本合同中说明免费的生活费、住宿费三万元，这一做法一般是不合法的。作为劳动者，你有权拒绝学校的非法扣除要求，并通过协商、投诉或法律诉讼等途径来维护自己的合法权益。如果你有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。