当公司面临股东“被当作失联”处理但实际上并未失联的特殊情况时，公司需要采取一系列谨慎且合法的措施来妥善处理这一问题，以避免不必要的法律风险和公司运营影响。以下是我为您提供的详细处理建议：
一、初步核实与沟通确认
多渠道核实：
- 首先，公司应通过多种渠道（如电话、邮件、短信、社交媒体等）再次尝试联系该股东，确保之前的“失联”判断不是由于沟通方式不当或信息错误导致的。
- 记录所有尝试联系的过程和结果，包括时间、方式、联系人及反馈等信息，以备后续查证。
直接沟通确认：
- 如果可能，安排面对面会议或视频会议，直接与股东沟通，了解其未参与公司事务的具体原因，并确认其是否愿意继续履行股东职责。
二、内部沟通与决策
召开紧急会议：
- 召集董事会或股东会紧急会议，讨论该股东“被当作失联”的情况及其对公司可能产生的影响。
- 在会议上，可以决定成立专门的工作小组来负责与该股东的沟通以及后续处理事宜。
评估影响与风险：
- 分析该股东在公司中的股权比例、职位及影响力，评估其“被当作失联”可能对公司运营、决策和财务状况产生的实际影响。
- 考虑是否需要采取临时措施来保障公司的正常运营，如暂停其部分股东权益（但需谨慎操作，避免违法）。
三、法律途径与程序（如确有必要）
查阅公司章程与协议：
- 仔细查看公司章程、股东协议等相关文件，了解其中关于股东“失联”的定义、处理程序以及股权转让、股东资格丧失等方面的规定。
澄清与纠正：
- 如果发现公司之前对该股东的“失联”判断有误，应立即通过正式渠道（如公告、律师函等）向相关方澄清事实，并纠正之前的错误处理。
- 如果该股东确实因某种原因无法直接参与公司事务，但并未真正失联，公司应与其协商制定替代方案，如委托其他股东代为行使部分权益等。
法律咨询与协助：
- 在整个处理过程中，建议公司寻求专业法律人士的协助，确保所有操作均符合法律法规和公司章程的规定。
四、财务与运营调整（如受影响）
财务审计：
- 对公司的财务状况进行全面审计，特别是关注与该股东相关的账目和交易，确保没有因误解而产生的潜在财务风险。
运营策略调整：
- 根据该股东“被当作失联”对公司运营的实际影响程度，调整公司的运营策略和计划，确保公司能够继续稳定运营。
五、后续跟进与预防
持续跟进：
- 保持与该股东的持续沟通，确保其了解公司的最新动态和决策，并鼓励其积极参与公司事务。
完善制度：
- 完善公司的股东管理制度和应急预案，明确股东“失联”的准确定义、处理程序和责任分工。
- 加强与股东的沟通和联系，定期召开股东大会或通过其他方式保持信息畅通，减少误解和冲突的发生。
六、注意事项
- 遵守法律法规：在处理该问题时，公司必须严格遵守相关法律法规和公司章程的规定，确保程序的合法性和有效性。
- 保护股东权益：在采取任何措施前，应充分考虑该股东的合法权益，避免因其“被当作失联”而遭受不必要的损失。
- 保持沟通记录：保留与该股东的所有沟通记录和相关文件，以备不时之需和后续查证。
综上所述，当公司面临股东“被当作失联”处理但实际上并未失联的情况时，应通过初步核实与沟通确认、内部沟通与决策、法律途径与程序（如确有必要）、财务与运营调整（如受影响）以及后续跟进与预防等步骤来妥善处理这一问题。