结论：工资中三分之一作为绩效工资是否合法，不能一概而论，需结合具体情况判断，包括劳动合同的约定、公司规章制度的规定以及绩效工资的发放是否合理等。
分析说明：
劳动合同与规章制度：
- 根据《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，用人单位与劳动者应当遵循合法、公平、平等自愿、协商一致的原则，订立劳动合同。劳动合同中应当明确劳动报酬的条款，包括工资构成、支付方式等。
- 如果劳动合同中明确约定了工资中包含一定比例的绩效工资，且该约定不违反法律法规的强制性规定，那么这种工资构成方式就是合法的。
- 同时，公司规章制度中如果对绩效工资的发放有明确规定，且该规定已经向劳动者公示或告知，那么公司按照规章制度发放绩效工资也是合法的。
绩效工资的合理性：
- 绩效工资的发放应当与劳动者的工作表现、工作成果等直接相关，且应当有明确的考核标准和程序。
- 如果绩效工资的发放缺乏合理的考核依据，或者考核标准不明确、不公正，导致劳动者无法获得应得的绩效工资，那么这种工资构成方式就可能存在问题。
- 此外，绩效工资的比例也应当合理，不能过高或过低，以免损害劳动者的合法权益。
特殊情况下的合法性判断：
- 在某些特殊情况下，如劳动者存在严重违反公司规章制度、失职等行为时，公司可能根据劳动合同或规章制度的规定，扣除部分或全部绩效工资。这种情况下，扣除绩效工资的行为是否合法，取决于劳动合同或规章制度的具体规定以及劳动者的行为性质。
行动建议：
对于劳动者：
- 在签订劳动合同时，应仔细阅读合同条款，特别是关于工资构成的条款，确保自己了解并同意工资中包含绩效工资的比例和发放方式。
- 在工作过程中，应保留好与工作表现、工作成果相关的证据，以便在发生争议时证明自己的权益。
- 如果对绩效工资的发放有异议，应及时与公司沟通协商，必要时可以寻求法律援助或提起劳动争议仲裁。
对于用人单位：
- 在制定劳动合同和规章制度时，应明确绩效工资的比例、发放方式和考核标准，确保合法合规。
- 在发放绩效工资时，应严格按照考核标准和程序进行，确保公平公正。
- 如果需要扣除劳动者的绩效工资，应确保有合法的依据和合理的理由，并及时向劳动者说明情况。
法律后果：
- 如果用人单位未按照劳动合同或规章制度的规定发放绩效工资，或者绩效工资的发放缺乏合理依据，劳动者有权要求用人单位补发绩效工资，并可能要求用人单位支付经济补偿金或赔偿金。
- 如果劳动者对绩效工资的发放有异议并提起劳动争议仲裁或诉讼，用人单位可能需要承担举证责任，证明绩效工资的发放是合法合规的。
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