结论：关于公司破产清算时起诉12年前的转账记录是否有效，这主要取决于该转账记录是否超过了法律规定的诉讼时效期间，以及是否存在诉讼时效中断、中止等法定情形。以下从不同角度进行详细分析：
一、诉讼时效的基本规定
根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，向人民法院请求保护民事权利的诉讼时效期间通常为三年。这一规定适用于大多数民事纠纷，包括因转账记录引发的纠纷。然而，也存在一些特殊情况，如因国际货物买卖合同和技术进出口合同争议提起诉讼或者申请仲裁的期限为四年，以及自权利受到损害之日起超过二十年的，人民法院不予保护等。但针对您提到的12年前的转账记录，我们主要关注的是三年的普通诉讼时效期间。
二、诉讼时效的起算点
诉讼时效期间通常自权利人知道或者应当知道权利受到损害以及义务人之日起计算。对于转账记录而言，如果公司当时就知道或应当知道该转账存在问题（如错误转账、欺诈转账等），那么诉讼时效期间可能从该时点开始计算。如果公司当时并不知情，而是在多年后才发现问题，那么诉讼时效期间的起算点可能会相应推迟。但无论如何，从转账发生之日起算，如果已经超过了12年，且没有诉讼时效中断、中止等法定情形，那么该转账记录的诉讼时效期间很可能已经届满。
三、诉讼时效的中断与中止
诉讼时效中断：在诉讼时效期间内，如果因法定事由（如权利人向义务人提出履行请求、义务人同意履行义务、权利人提起诉讼或申请仲裁等）导致诉讼时效期间重新计算，则称为诉讼时效中断。如果公司在诉讼时效期间内采取了上述行动，那么诉讼时效期间可能会重新开始计算，从而有可能使12年前的转账记录仍然处于有效的诉讼时效期间内。
诉讼时效中止：在诉讼时效期间的最后六个月内，如果因法定事由（如不可抗力、权利人丧失民事行为能力且无法定代理人等）导致权利人无法行使请求权，则诉讼时效期间暂停计算，待法定事由消除后继续计算。如果公司在诉讼时效期间的最后六个月内遇到了上述情况，那么诉讼时效期间可能会中止，从而延长有效的诉讼时效期间。
四、破产清算中的特殊考虑
在公司破产清算的情况下，管理人（或清算组）会接管公司的财产和事务，并负责处理公司的债权债务。如果管理人发现公司存在未了结的债权（如因12年前的转账记录而产生的债权），且该债权未超过诉讼时效期间或存在诉讼时效中断、中止等法定情形，那么管理人可以代表公司向债务人提起诉讼或采取其他法律措施来追讨债权。然而，如果诉讼时效期间已经届满且没有法定事由可以中断或中止，那么该债权可能无法得到法律的保护。
五、建议与风险提示
及时咨询专业律师：由于诉讼时效问题涉及复杂的法律判断和事实认定，建议您及时咨询专业律师以获取准确的法律意见。
收集并保存证据：无论诉讼时效期间是否届满，您都应尽可能收集并保存与转账记录相关的所有证据（如转账凭证、合同、通信记录等），以便在需要时证明您的权利。
考虑其他法律途径：如果诉讼时效期间已经届满且无法中断或中止，您仍可以考虑通过协商、调解等其他法律途径来尝试解决纠纷。
如果您在公司破产清算过程中遇到任何法律问题或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。