医院强制新生儿做CT是否合法，不能一概而论，需要结合具体情况进行判断。以下从多个角度进行分析：
医疗行为的合法性基础：
- 医院作为专业的医疗机构，其医疗行为应当遵循医学科学规律和诊疗规范。在新生儿的情况下，如果医生基于专业判断，认为进行CT检查是必要的，例如为了诊断是否存在颅内出血、骨折等严重疾病，且没有其他更安全、更有效的检查手段可替代，那么这种医疗行为是合法的。
- 然而，如果医院在没有充分医学依据的情况下，强制新生儿进行CT检查，或者存在过度检查、滥用检查手段的情况，那么这种行为可能违反了医疗规范和行业规定，甚至可能构成对新生儿及其家长权益的侵害。
患者知情同意权：
- 根据《中华人民共和国民法典》等相关法律法规，患者在接受医疗服务时享有知情同意权。这意味着，医院在为新生儿进行CT检查前，应当向新生儿的家长充分说明检查的必要性、风险、可能的结果等信息，并取得家长的明确同意。
- 如果医院未经家长同意，擅自为新生儿进行CT检查，那么这种行为可能侵犯了家长的知情同意权，家长有权要求医院承担相应的法律责任。
特殊情况的考量：
- 在某些紧急情况下，如新生儿病情危急，需要立即进行CT检查以明确诊断并采取相应的治疗措施，此时医院可能无法事先取得家长的同意。在这种情况下，医院应当基于患者的生命安全和健康利益，采取必要的医疗措施。
- 但即便如此，医院也应当在事后及时向家长说明情况，并取得家长的理解和配合。如果因为紧急情况下的医疗行为导致新生儿受到损害，医院仍然需要根据具体情况承担相应的法律责任。
法律后果与责任承担：
- 如果医院强制新生儿做CT的行为违反了医疗规范、行业规定或法律法规，且因此给新生儿造成了损害，那么医院可能需要承担民事赔偿责任。根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，侵害他人造成人身损害的，应当赔偿医疗费、护理费、交通费等为治疗和康复支出的合理费用，以及因误工减少的收入等。
- 在极端情况下，如果医院的医疗行为构成犯罪（如故意伤害罪等），那么相关责任人员还可能面临刑事处罚。
建议：
- 如果家长认为医院强制新生儿做CT的行为不合法或不合理，可以首先与医院进行沟通协商，要求医院说明检查的必要性并取得家长的同意。
- 如果沟通无果或家长对医院的解释不满意，可以向当地的卫生行政部门或医疗纠纷调解机构投诉举报，寻求行政调解或第三方调解。
- 如果新生儿的权益因此受到损害，家长还可以考虑通过法律途径维护自己的合法权益，如向法院提起民事诉讼等。
在处理此类问题时，建议家长保持冷静和理性，依法维护自己的权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。