结论：过红绿灯时已经过了路中间变红灯，是否扣分需根据具体情况判断。以下从不同角度进行分析：
一、一般情况不扣分
合法进入路口：
- 根据《中华人民共和国道路交通安全法实施条例》第五十一条规定，机动车在绿灯时进入有交通信号灯控制的交叉路口是合法的。如果车辆已经在绿灯时越过停止线并进入路口，但因前方交通拥堵等合理原因导致车辆停在路中间，此时红灯亮起，这种情况通常不会被认定为违章行为而扣分或罚款。
- 举例：在高峰时段，路口车辆较多，绿灯时您正常进入路口，但因前方车辆排队等待，导致您的车辆停在路中间，此时红灯亮起，您不会被扣分。
不影响其他车辆和行人通行：
- 在这种情况下，驾驶员应确保安全，不得影响其他车辆和行人的正常通行。只要驾驶员没有因自身不当操作（如犹豫不决、玩手机等）导致交通拥堵，就不会被处罚。
二、特殊情况可能会扣分
造成交通拥堵：
- 如果驾驶员因自身不当操作（如在路口犹豫不决、玩手机等），导致绿灯时进入路口却长时间停滞在路中间，严重影响其他方向车辆正常通行，造成交通拥堵，那么有可能会被以“不按规定停车影响其他车辆和行人通行”进行处罚，一般会处以罚款，部分地区可能会同时扣2分。
- 举例：您在绿灯时进入路口，但因看手机而未及时前行，导致后方车辆无法通行，造成交通拥堵，此时您可能会被扣分罚款。
涉嫌闯红灯：
- 闯红灯的判定需要具备三张照片，即车辆驶过停止线、车辆到达路中间、车辆到达对面路口。如果车辆在绿灯时未完全通过停止线，却继续行驶至路中间并在红灯亮起前未能完全通过路口，有可能被判定为闯红灯。按照《道路交通安全违法行为记分管理办法》，驾驶机动车不按交通信号灯指示通行的，一次记6分。
- 举例：您在绿灯时刚越过停止线，但红灯随即亮起，您继续前行至路中间但未完全通过路口，此时您可能会被判定为闯红灯而扣分。
三、注意事项与建议
遵守交通规则：
- 驾驶员在通过路口时应严格遵守交通规则，按照交通信号灯的指示行驶，并确保安全。不要因一时疏忽或不当操作而违反交通规则。
及时咨询与申诉：
- 如果遇到类似情况，建议驾驶员及时咨询当地的交通管理部门或交警部门，以获取最准确的法律解读和指导。如果您认为自己的停车行为是合理的但仍被扣分或罚款，可以保留相关证据（如行车记录仪视频、现场照片等）并向交警部门提出申诉。
关注当地交通法规：
- 不同地区的交通法规和执法情况可能有所不同，驾驶员应关注并了解所在地的具体交通法规，以便更好地遵守和应对各种交通情况。
法律依据：
- 《中华人民共和国道路交通安全法实施条例》第五十一条：机动车通过有交通信号灯控制的交叉路口，应当按照下列规定通行：…(五)遇停止信号时，依次停在停止线以外。没有停止线的，停在路口以外；…
- 《道路交通安全违法行为记分管理办法》第十条：驾驶机动车不按交通信号灯指示通行的，一次记6分。
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