刑事案件调解结案后是否会有案底，需根据案件性质及后续处理情况来综合判断。以下是对这一问题的详细分析：

1. 刑事自诉案件：

   • 这类案件本质上是公民个人之间的纠纷，自诉人有自主处分诉讼权利的权利。
   • 如果双方当事人自行和解或者在法院主持下达成调解协议，并且案件最终没有认定被告人有罪，那么就不会留下案底。这是因为调解协议的达成和履行，并未涉及对被告人犯罪行为的认定和处罚。

2. 公诉案件：

   • 仅就民事赔偿部分达成调解：如果犯罪嫌疑人与被害人之间仅就民事赔偿部分达成调解，这并不影响刑事部分的处理。犯罪嫌疑人是否会留下案底，取决于司法机关最终对其是否认定有罪。若最终被法院判决有罪，则会留下案底，记录在个人的犯罪档案中，可能对当事人在就业（如公务员、军警、金融机构高级管理人员等特定行业入职时会有严格的背景审查）、出国、个人信用等方面产生负面影响。
   • 侦查阶段撤案或审查起诉阶段不起诉：若在侦查阶段，公安机关基于调解等综合情况作出撤案决定；或者在审查起诉阶段，检察院作出不起诉决定（包括法定不起诉、酌定不起诉、证据不足不起诉等），则犯罪嫌疑人不会被认定有罪，也就不会留下案底。这是因为撤案或不起诉决定意味着司法机关认为犯罪嫌疑人的行为不构成犯罪或不需要追究刑事责任。

注意事项：

• 虽然调解本身不会留下案底，但如果当事人未能履行调解协议，对方当事人有权向法院申请强制执行。在执行过程中，法院有权采取诸如查封、冻结银行账户等强制措施，甚至可能因拒不执行而被追究刑事责任。因此，当事人在达成调解协议后，应当严格遵守并认真履行协议内容，以避免不必要的法律风险和损失。

总结与建议：

• 刑事案件调解结案后是否会有案底，关键在于案件性质和司法机关的最终处理结果。
• 对于刑事自诉案件，如果调解后未认定被告人有罪，则不会留下案底。
• 对于公诉案件，如果仅就民事赔偿部分达成调解且最终被认定有罪，或者虽然达成调解但司法机关最终作出有罪判决，则会留下案底。反之，如果侦查阶段撤案或审查起诉阶段不起诉，则不会留下案底。
• 当事人在达成调解协议后，应认真履行协议内容，以避免后续法律风险。

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