当您起诉对方公司后，发现其账户没有钱时，确实会面临一些挑战，但仍有多种措施可以采取来维护您的合法权益。以下是一些详细且具有深度的建议：
一、深入调查与全面追踪资产
申请财产保全：
- 在诉讼前或诉讼过程中，您可以向法院申请财产保全，这是防止对方公司转移或隐匿财产的有效手段。法院会依法对对方公司的银行账户、房产、车辆等财产进行查封、扣押或冻结。
全面调查财产线索：
- 通过合法途径，如委托律师，查询对方公司的工商登记信息、税务记录、银行账户流水等，以寻找可能隐藏的财产线索。
- 特别关注对方公司的应收账款、存货、知识产权等可能存在的资产形式，这些往往容易被忽视。
利用执行查控系统：
- 向法院申请执行后，可以利用全国法院网络执行查控系统，对被执行人的银行存款、不动产、车辆等进行全面查询和控制，提高执行效率。
二、采取法律手段与强化执行措施
追加被执行人：
- 如果对方公司是一人有限责任公司，且股东存在未足额出资、抽逃出资等行为，您可以申请追加股东为被执行人。
- 对于普通有限责任公司，如果存在出资不实或抽逃出资的情况，同样可以申请追加相关责任人为被执行人。
限制高消费与列入失信名单：
- 申请法院对被执行人采取限制高消费措施，限制其乘坐飞机、高铁等高档出行方式，以及入住星级酒店等高消费行为。
- 若被执行人拒不履行义务，可将其纳入失信被执行人名单，通过信用惩戒机制迫使其履行义务。
强制审计与搜查：
- 申请法院对被执行人进行强制审计，以查明其真实的财务状况和资金流向。
- 在必要时，法院可对被执行人的住所或经营场所进行搜查，查找并扣押有价值的财产。
参与分配与代位申请执行：
- 如果其他债权人已对被执行人提起诉讼并取得生效法律文书，您可以申请参与分配，按比例受偿。
- 若发现被执行人对第三人享有到期债权，可向法院申请代位执行该第三人的财产。
刑事追责：
- 对于有能力履行而拒不履行的被执行人，若其行为构成拒不执行判决、裁定罪，可依法追究其刑事责任。
三、寻求替代性解决方案与协商
协商和解：
- 与对方公司进行协商，尝试达成和解协议。这可能包括制定分期还款计划、减免部分债务或其他可行的解决方案。
以物抵债：
- 经双方同意，可以通过以物抵债的方式实现债权。即用被执行人的实物资产（如设备、存货等）折抵债务。
债权转让：
- 如果认为追偿过程过于漫长或复杂，您可以考虑将债权转让给第三方，由第三方继续向被执行人追偿。
四、专业法律帮助与持续跟进
- 在处理此类纠纷时，寻求专业律师的帮助至关重要。律师能够根据公司具体情况提供法律建议，协助制定解决方案，并代表您参与协商、诉讼等法律程序。
- 持续跟进案件进展，与法院和律师保持密切沟通，确保您的权益得到最大程度的保障。
综上所述，当起诉对方公司后发现其账户没有钱时，您应综合运用多种手段来维护自身权益。通过深入调查、采取法律手段、寻求替代性解决方案以及寻求专业法律帮助等方式，您有望最大程度地挽回损失并保障自身合法权益。