是的，向对公账户存入1000元属于资金往来。以下从不同角度为你详细分析：

1. 法律定义角度
   资金往来是指经济主体之间因交易、投资、借贷等行为产生的资金流动。根据《人民币银行结算账户管理办法》，对公账户是企事业单位用于日常转账结算和现金收付的账户。向对公账户存入资金（无论金额大小）均属于资金流入行为，符合资金往来的基本定义。

2. 会计处理角度
   从会计实务看，企业收到任何形式的资金（包括现金存款）都需在账簿中记录为”银行存款”科目增加，同时对应”实收资本”“其他应付款”等科目（根据资金性质）。这表明1000元存款已形成可追溯的资金流动记录，构成会计意义上的资金往来。

3. 税务监管角度
   税务机关通过银行账户监控企业资金流动。即使单笔金额较小，该存款行为仍会体现在银行流水单中。若企业长期存在频繁小额存款，可能被要求说明资金来源性质（如是否为经营收入、股东借款等），以确认是否需要缴纳相关税费。

4. 实务操作建议

• 保留存款凭证（如现金缴款单、转账回单）
  
• 若为非经营性资金（如股东临时借款），建议签订书面协议明确性质
  
• 定期核对银行流水与账簿记录，确保资金往来清晰可查
  

如需进一步分析该笔资金的具体法律性质（如是否构成投资款、借款等），或涉及税务筹划问题，可提供更多背景信息继续咨询。