核心结论：借条注明账已结清但同时又存在还款协议的情况，需根据具体证据和事实来综合认定两者之间的关系及法律效力，一般有以下两种常见认定方向。

1. 若还款协议是对借条结清后新债务的确认

   • 法律关系分析：借条注明账结清，通常意味着双方就借条所涉及的债权债务关系已经清算完毕。然而，之后又签订还款协议，若能证明还款协议是基于新的借款行为、新的交易或者其他合法原因产生的债务，那么还款协议所涉及的债务与借条所结清的债务是相互独立的。例如，在借条结清后，一方又因资金周转需要向另一方借款，双方签订了还款协议对新的借款金额、还款期限等进行约定。
   • 证据认定：在这种情况下，需要收集能够证明新债务产生原因的证据，如新的转账记录、聊天记录、书面合同等。如果这些证据能够形成完整的证据链，证明还款协议所涉及的债务是独立于借条结清债务的新债务，那么还款协议具有法律效力，债务人应当按照还款协议的约定履行还款义务。
   • 法律后果：债权人可以依据还款协议向债务人主张权利，要求债务人按照协议约定还款。如果债务人拒不履行还款义务，债权人可以向法院提起诉讼，要求债务人偿还债务，并承担相应的违约责任。

2. 若还款协议是对借条未结清债务的重新约定

   • 法律关系分析：虽然借条上注明账结清，但实际上可能存在一些特殊情况导致债务并未真正结清。比如，双方在签订借条结清声明时存在重大误解、欺诈、胁迫等情形，或者借条结清声明只是双方为了某种目的而做出的虚假表示。之后签订的还款协议实际上是对未结清债务的重新确认和约定。
   • 证据认定：要证明这种情况，需要提供证据证明借条结清声明存在无效或可撤销的情形。例如，如果是因为受到胁迫而签订借条结清声明，需要提供报警记录、证人证言等证据；如果是因为重大误解，需要证明对债务结清的情况存在错误认识。同时，还款协议的内容应当能够与未结清的债务相对应，证明其是对原债务的重新约定。
   • 法律后果：如果能够证明借条结清声明无效或可撤销，且还款协议是对未结清债务的合理重新约定，那么还款协议具有法律效力。债务人应当按照还款协议的约定履行还款义务，债权人也有权依据还款协议主张权利。

综合建议：在处理此类纠纷时，建议先收集和整理所有相关的证据，包括借条、还款协议、转账记录、聊天记录等。然后，根据证据情况分析两者之间的关系，判断属于上述哪种情形。如果无法自行判断，可以寻求法律帮助，通过法律途径解决纠纷。你可以将具体情况详细跟我说一说，以便我更精准地为你分析。