迟到扣全勤还是扣工资，这主要取决于用人单位的规章制度、劳动合同中的约定，以及这些规定和约定的合法性与合理性。以下是对这一问题的详细分析：

1. 规章制度与劳动合同的约定

   • 有明确约定：如果用人单位在规章制度或劳动合同中明确规定了迟到将扣除全勤奖或相应工资，并且这些规定已经过民主程序制定、向劳动者公示或告知，且内容合理合法，那么用人单位有权按照约定执行。例如，规章制度中明确规定“当月迟到超过三次，扣除全勤奖”，此时用人单位扣除全勤奖具有明确依据。
   • 约定不明确或未约定：若规章制度或劳动合同中对迟到与全勤奖、工资的关系没有清晰界定，或者用人单位未将规章制度向劳动者公示或告知，那么用人单位不能随意以迟到为由扣除全勤奖或工资。在这种情况下，员工有权要求支付全勤奖或全额工资。

2. 合法性与合理性的考量

   • 合法性：根据《中华人民共和国劳动法》等法律法规，员工的工资应当按时足额支付，不得无故克扣或拖欠。因此，用人单位扣除全勤奖或工资必须有合法依据，如规章制度中的明确规定或劳动合同中的约定。
   • 合理性：即使规章制度或劳动合同中有相关规定，用人单位也不能滥用这一权力。例如，将轻微迟到即视为严重违规并扣除大量工资或全勤奖，这样的规定可能会被认定为不合理，从而不被法律支持。用人单位在制定规章制度时，应确保规定的合理性和公平性，避免因过度惩罚而导致员工的不满和纠纷。

3. 实际操作中的建议

   • 对于员工：如果认为用人单位扣除全勤奖或工资的做法不合理或不合法，首先应与用人单位进行沟通协商，要求其说明扣奖或扣工资的依据。若协商不成，可以向当地劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁来维护自己的合法权益。
   • 对于用人单位：在制定规章制度时，应确保规定的合法性和合理性，并经过民主程序制定、向劳动者公示或告知。在执行规章制度时，应确保其公平性和合理性，避免因过度惩罚而导致员工的不满和纠纷。同时，用人单位也可以考虑设置合理的迟到次数和时长限制，以及相应的处罚措施，以维护正常的工作秩序。

总结来说，迟到扣全勤还是扣工资并不是一个简单的问题，它涉及到用人单位的规章制度、劳动合同中的约定以及这些规定和约定的合法性与合理性。在处理这类问题时，建议员工和用人单位都保持冷静和理性，通过沟通协商来解决问题。如果无法达成一致意见，可以寻求法律途径来维护自己的权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。