结论：农村废弃大坑填平后的产权归属问题，需根据具体情况判断，主要取决于填平行为是否合法、承包手续的具体内容以及相关法律法规的规定。以下从不同角度进行分析：
一、填平行为合法性对产权归属的影响
合法填平：
- 若填平行为经过相关部门批准，且符合土地利用规划和环保要求，那么填平后的土地使用权可能归属于原承包人或根据批准文件确定的新使用权人。
- 在此情况下，产权归属应依据批准文件、承包合同以及相关法律法规来确定。若承包合同中明确约定了填平后的土地使用权归属，则按照合同约定执行；若合同未约定，则可能需要根据土地利用规划和相关政策来确定。
非法填平：
- 若填平行为未经批准或违反了土地利用规划和环保要求，那么该行为可能构成违法，填平后的土地使用权不会因此自动归属于填平者。
- 在此情况下，相关部门可能会责令恢复原状，并可能对填平者进行处罚。产权归属问题则需根据原土地状况和相关法律法规来重新确定。
二、承包手续对产权归属的影响
承包合同明确约定：
- 若承包合同中明确约定了废弃大坑填平后的土地使用权归属，那么应按照合同约定执行。这是合同自由原则的体现，也是解决此类纠纷的主要依据。
承包合同未明确约定：
- 若承包合同未明确约定废弃大坑填平后的土地使用权归属，那么需要根据土地利用规划、相关政策以及公平原则来综合判断。
- 在此情况下，可能需要考虑原承包人对土地的投入、填平行为的贡献以及土地的实际利用情况等因素来确定产权归属。
三、相关法律法规的规定
- 根据《中华人民共和国土地管理法》等相关法律法规的规定，土地使用权的确立和变更需依法进行，并需符合土地利用规划和相关政策要求。
- 在处理农村废弃大坑填平后的产权归属问题时，应充分考虑相关法律法规的规定，确保产权归属的合法性和合理性。
四、建议与措施
- 查阅承包合同：首先应查阅承包合同，了解合同中是否对废弃大坑填平后的土地使用权归属有明确约定。
- 咨询相关部门：若合同未约定或约定不明，建议咨询当地土地管理部门或农业部门，了解相关政策和规定。
- 协商解决：在了解相关政策和规定后，可与相关方进行协商，寻求妥善解决产权归属问题的方法。
- 法律途径：若协商无果，可通过法律途径解决纠纷，如提起民事诉讼或申请仲裁等。
进一步思考：在处理此类问题时，还需注意保护农民的合法权益，避免因产权归属问题引发社会矛盾。同时，应加强对农村土地利用的监管和管理，防止类似问题的再次发生。若您有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。