结论：农户将宅基地上的农房卖给非本集体经济组织成员的行为，通常由县级自然资源部门（原国土资源部门）负责查处，具体依据为《土地管理法》及相关规定。以下从法律背景、处罚依据、职能分工三个角度详细说明：

一、法律背景：宅基地使用权流转的限制

根据《土地管理法》第六十二条及《民法典》第三百六十三条，宅基地使用权具有身份属性，仅限本集体经济组织成员享有。农户将宅基地上的房屋出售给非成员时，虽房屋所有权可依法转移，但宅基地使用权因受让人身份不符无法同步转移，导致“房地分离”。此类交易因违反法律强制性规定，通常被认定为无效合同，且可能涉及行政处罚。

二、处罚依据：违法转让土地使用权的认定

1. 《土地管理法》第七十四条
   若农户在转让房屋时擅自扩大宅基地面积或未经批准转让宅基地使用权，县级自然资源部门可依据该条款责令限期改正、没收违法所得，并处罚款（罚款幅度为违法所得的10%-50%）。

2. 《土地管理法》第七十七条
   若农户通过转让房屋变相买卖宅基地（如以房屋为名行土地交易之实），县级自然资源部门可责令限期拆除房屋、退还土地，并处罚款（罚款幅度为每平方米100元至1000元，具体标准由地方规定）。

3. 《土地管理法》第八十二条
   若农户与受让人串通伪造材料骗取审批或逃避监管，县级自然资源部门可对双方处以罚款，情节严重者可能追究刑事责任。

三、职能分工：县级自然资源部门的处罚权

1. 机构改革后的职能调整
   2018年机构改革后，原国土资源部门职责整合至自然资源部门，负责土地资源统一管理。因此，查处宅基地违法交易的行为现由县级自然资源部门主导，农业农村部门配合处理涉及农村宅基地分配、使用的管理问题。

2. 处罚流程示例

   • 发现线索：通过群众举报、卫星遥感监测或日常巡查发现违法交易；
   • 立案调查：核实交易双方身份、房屋及土地权属、交易合同等证据；
   • 作出处罚：根据违法情节适用《土地管理法》相应条款，出具《行政处罚决定书》；
   • 执行与监督：责令限期改正或强制拆除，并将处罚信息纳入信用记录。

四、延伸建议：农户与买方的风险防范

1. 对农户：

   • 避免向非成员出售房屋，若已交易，可协商解除合同并退还价款，减少行政处罚风险；
   • 若需流转房屋，可优先向本集体经济组织内部成员转让，或通过租赁、合作开发等合法方式利用。

2. 对买方：

   • 签订合同前核查农户宅基地使用权证及集体经济组织成员身份；
   • 明确合同条款中“房屋与宅基地使用权分离”的风险，要求农户承诺配合办理相关手续；
   • 若交易被认定无效，可依据《民法典》第一百五十七条要求返还财产或赔偿损失。

提示：宅基地交易政策因地区而异，建议交易前咨询当地自然资源部门或直接向我提问，以规避法律风险。