结论：司机在不知情的情况下通过物流拉了废水，是否违法需分情况讨论，主要取决于司机是否尽到了合理的注意义务以及是否能够证明自身不知情。

分析如下：

1. 不知情且无过错的情况：

   • 如果司机在运输过程中完全不知情所运货物为废水，且已经尽到了合理的注意义务（例如，检查了货物的包装、标识，询问了货主货物的性质等），同时没有证据表明司机应当知道货物为废水，那么司机可能不构成违法。
   • 在这种情况下，司机是受害者，因为其是在不知情的情况下被卷入了违法行为中。司机可以向相关部门报告此事，并配合调查，以证明自己的清白。

2. 不知情但有过错的情况：

   • 如果司机虽然声称不知情，但实际上存在疏忽或过失（例如，未对货物进行必要的检查，或者对货物的异常情况视而不见），那么司机可能需要承担一定的法律责任。
   • 在这种情况下，即使司机主观上不知情，但由于其未尽到合理的注意义务，可能被视为对违法行为的放任或默许，从而构成违法或共犯。

3. 法律后果与建议：

   • 如果司机被认定为违法，可能会面临行政处罚（如罚款、吊销驾驶证等）或刑事处罚（如拘役、有期徒刑等），具体取决于废水的性质、数量以及运输行为的严重程度。
   • 建议：司机在运输前应仔细检查货物的包装、标识，并询问货主货物的性质。如果发现货物有异常或可疑之处，应拒绝运输并及时向相关部门报告。同时，司机应保留好相关证据（如运输合同、货物照片、与货主的沟通记录等），以便在需要时证明自己的清白。

额外提醒：

• 物流行业涉及众多法律法规，司机和货主都应严格遵守相关规定，确保运输货物的合法性和安全性。
• 如果司机对货物的性质存在疑问或不确定，应及时咨询专业人士或相关部门，以避免不必要的法律风险。

如有更多细节或疑问，可以直接向我咨询，我会根据你的具体情况提供更详细的法律建议。