结论：行为人假冒他人注册商标并将制造的假冒注册商标标识进行销售，是否应当分别定罪处罚，需根据具体情况来判断，可能分别构成假冒注册商标罪和非法制造、销售非法制造的注册商标标识罪，也可能按一罪处理。以下是对此问题的详细分析：
一、可能构成的罪名
假冒注册商标罪：
- 根据《中华人民共和国刑法》第二百一十三条，未经注册商标所有人许可，在同一种商品、服务上使用与其注册商标相同的商标，且情节严重的，构成假冒注册商标罪。
- 若行为人假冒他人注册商标，并在商品上使用，且情节严重，则构成此罪。
非法制造、销售非法制造的注册商标标识罪：
- 根据相关法律规定，行为人销售非法制造的注册商标标识，即提供的包装材料上印制有注册商标，或其提供的标签标识本身就是注册商标，则这些行为应被认定为单独构成非法制造、销售非法制造的注册商标标识罪。
- 若行为人制造并销售假冒的注册商标标识，且情节严重，则构成此罪。
二、是否分别定罪处罚
分别定罪处罚的情况：
- 如果行为人既实施了假冒注册商标的行为，又单独实施了销售非法制造的注册商标标识的行为，且这两个行为是独立的，没有直接的关联或牵连关系，那么应当分别定罪处罚。
- 例如，行为人先假冒了某品牌的注册商标并生产了假冒商品，之后又单独制造并销售了该品牌的假冒注册商标标识，这两个行为就是独立的，应当分别定罪。
按一罪处理的情况：
- 如果行为人假冒注册商标的行为与销售非法制造的注册商标标识的行为之间存在牵连关系，即销售非法制造的注册商标标识是为了实施假冒注册商标的行为，或者假冒注册商标的行为中包含了销售非法制造的注册商标标识的行为，那么可能按一罪处理。
- 在这种情况下，通常会根据行为人的主要犯罪行为和犯罪情节来定罪处罚，而不会分别定罪。例如，行为人为了假冒某品牌的注册商标，先制造了该品牌的假冒注册商标标识，并将其用于假冒商品的生产和销售中，这个行为就可能被视为假冒注册商标罪的一部分，而不会单独定罪为非法制造、销售非法制造的注册商标标识罪。
三、量刑标准与情节认定
- 对于假冒注册商标罪和非法制造、销售非法制造的注册商标标识罪，都有相应的量刑标准和情节认定规定。
- 量刑时，会考虑行为人的犯罪情节、非法经营数额、违法所得数额、假冒注册商标的数量、是否造成恶劣影响等因素。
- 如果行为人具有自首、立功、认罪认罚等情节，或者积极退赃退赔、赔偿权利人损失等，可以在量刑时获得从轻处罚。
四、建议与提示
- 作为商家或销售人员，应严格遵守相关法律法规，确保所销售的商品均为正品，避免触犯法律红线。
- 如果发现有人假冒注册商标或销售非法制造的注册商标标识，应及时向相关部门举报，以维护市场秩序和消费者权益。
- 如果您或您身边的人涉及此类法律问题，可以直接向我咨询，我会根据具体情况提供专业的法律意见和帮助。
综上所述，行为人假冒他人注册商标并将制造的假冒注册商标标识进行销售，是否应当分别定罪处罚，需根据具体情况来判断。在处理此类案件时，应仔细区分行为人的行为性质，确保定罪的准确性和公正性。