在鱼塘承包期内，一般不能擅自填土建厂房，是否可以填土建厂房需分情况讨论：

1. 从承包合同角度分析
   承包合同是确定双方权利义务的基础文件。如果承包合同中明确约定了承包用途为“水产养殖”，且禁止改变土地用途或进行非农建设，那么承包方在承包期内填土建厂房属于违约行为。根据《民法典》第五百七十七条，违约方需承担继续履行、赔偿损失等责任，发包方有权要求恢复原状或解除合同。
   若合同未明确禁止改变用途，但约定了“需经发包方书面同意”等条款，则承包方必须履行审批程序，否则仍构成违约。

2. 从土地管理法规角度分析
   根据《土地管理法》第四条，国家实行土地用途管制制度。鱼塘用地通常属于“农用地”（如养殖水面），若未依法办理农用地转用审批手续，擅自填土建厂房可能涉嫌非法占用农用地，需承担行政责任（如罚款、限期拆除）甚至刑事责任（《刑法》第三百四十二条非法占用农用地罪）。
   即使承包合同允许改变用途，也需向县级以上人民政府自然资源主管部门申请办理农用地转用审批手续，未经批准不得擅自建设。

3. 从环保与水利法规角度分析
   若鱼塘涉及水域保护、湿地生态或防洪安全（如位于行洪区、蓄滞洪区），填土建厂房可能违反《水法》《防洪法》或地方性水利法规。例如，《水法》第三十七条禁止在河道管理范围内建设妨碍行洪的建筑物，违反者需承担限期拆除、罚款等责任。

建议行动步骤：

1. 核查承包合同：确认合同中关于土地用途、建设许可的条款；
   
2. 咨询行政审批：向当地自然资源、农业农村、水利等部门了解农用地转用、建设许可的办理要求；
   
3. 评估法律风险：若计划建设，需确保符合土地、环保、水利等多部门法规，避免因违法建设导致拆除、罚款或刑事责任。
   

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