结论：司机死亡后，工伤保险赔偿与驾乘险赔偿是相互独立的，主张驾乘险时通常不会扣除工伤保险已赔付的金额。
详细分析：
工伤保险与驾乘险的性质不同
- 工伤保险：属于社会保险范畴，由用人单位缴纳，旨在保障员工在工作过程中因工作原因受到事故伤害或患职业病时，能够获得医疗救治和经济补偿。其赔偿范围和标准通常由法律法规明确规定。
- 驾乘险：属于商业保险范畴，由个人或单位自愿购买，旨在为车辆上的驾驶员和乘客提供在交通事故中的意外伤害保障。其赔偿范围和标准依据保险合同的约定。
赔偿原则与独立性
- 工伤保险：遵循“无过失补偿”原则，即只要员工因工作原因受到伤害，无论其是否有过错，均可获得工伤保险赔偿。
- 驾乘险：遵循保险合同约定，只要发生符合合同约定的保险事故，保险公司即应按照约定进行赔偿。
- 独立性：工伤保险和驾乘险在赔偿上具有独立性，一种保险的赔偿不会影响另一种保险的赔偿。这是因为它们基于不同的法律关系和合同约定，各自承担不同的风险保障责任。
实际操作中的注意事项
- 及时报案与理赔：在司机死亡后，家属或相关责任人应及时向工伤保险机构和驾乘险保险公司报案，并按照要求提交相关理赔材料。
- 避免重复索赔：虽然工伤保险和驾乘险在赔偿上具有独立性，但家属或相关责任人在申请赔偿时，应确保不重复索赔同一项目的费用。例如，医疗费用、丧葬费用等，如果工伤保险已经赔付，驾乘险通常不再重复赔付（但具体需看驾乘险合同条款是否有特别约定）。
- 保留相关证据：为了顺利获得赔偿，家属或相关责任人应保留好与事故相关的所有证据，如医疗记录、死亡证明、保险合同等。
特殊情况下的处理
- 如果驾乘险合同中有特别约定：例如，合同中约定了“如果已获得其他保险赔偿，则本保险不再赔付”或“本保险赔付金额需扣除已获得的其他保险赔偿”等条款，那么在这种情况下，主张驾乘险时可能会扣除工伤保险已赔付的金额。但这种情况较为少见，且需具体看合同条款。
- 如果工伤保险赔付不足：在某些情况下，工伤保险的赔付可能无法完全覆盖家属的损失。此时，家属可以依据驾乘险合同向保险公司申请额外赔偿，以弥补工伤保险赔付的不足。
建议：在处理此类问题时，家属或相关责任人应仔细阅读保险合同条款，了解各自保险的赔偿范围和标准。如有疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。