企业跨区经营在大多数情况下是合法的，但具体是否合法以及是否需要办理额外手续，取决于经营活动的性质、规模及是否涉及特殊审批行业。以下是对此问题的详细分析：
一、合法跨区经营的情况
临时性、偶发性跨区经营：
- 如果企业仅因特定项目或业务需求，在注册地址以外的区域进行临时性、偶发性的业务活动，且不属于需要设立分支机构或办理变更登记的情形，通常是合法的。例如，一家在A区注册的公司，偶尔到B区参加商品展销会或进行市场推广活动，无需额外办理登记手续。
依法办理相关手续后的跨区经营：
- 若企业在异地持续、固定地开展经营活动，应按规定设立分支机构并办理相应的登记注册手续，或在必要时变更经营地址并进行工商变更登记。例如，一家在A区注册的公司，计划在B区设立分公司并长期开展业务，就需要在B区办理分公司的登记手续，领取营业执照。
二、可能违法的跨区经营情况
- 若企业未经批准擅自跨区经营，未办理相关工商和税务登记手续，将可能被视为无照经营或超范围经营，面临工商行政管理部门的查处及法律责任。例如，一家在A区注册的公司，未在B区办理任何登记手续，就在B区设立固定经营场所并开展业务，就可能构成违法经营。
三、合法跨区经营的方式与要求
设立分支机构：
- 对于需要在异地持续经营的企业，应设立分支机构（如分公司），并向当地登记机关申请登记，领取营业执照。分公司不具有法人资格，其民事责任由总公司承担。
变更经营地址：
- 如企业主要经营活动已转移至另一区域，应及时向登记机关申请变更经营地址的登记。
遵守当地法规：
- 无论企业采取何种形式跨区经营，均需遵守当地的税收、劳动法等相关法律法规，确保经营活动的合法性。例如，企业在跨区经营时，需要按照当地的规定缴纳税款，遵守当地的劳动法规等。
涉及特殊审批行业的跨区经营：
- 若企业跨区经营的业务属于需特定行业审批或许可的范围，如餐饮、医疗等，即使在本市内跨区，也需重新办理或变更相应的审批或许可手续。例如，一家在A区已取得食品经营许可证的餐饮公司，计划在B区开设分店，就需要向B区的市场监督管理部门申请该区域的食品经营许可证。
四、建议与注意事项
- 查看营业执照：企业应仔细查看自己的营业执照上是否有明确的经营区域限制。
- 了解相关法规：深入了解并遵守相关法律法规对跨区经营的具体规定，特别是涉及特殊审批行业的跨区经营。
- 咨询与规划：在跨区经营前，建议企业制定详细的跨区经营计划，并向我咨询以获取针对性的法律意见和帮助，确保合规性并降低法律风险。
综上所述，企业跨区经营的合法性取决于其是否遵守了相关的法律法规和规定。通过合理规划和谨慎操作，企业可以确保在不同区域的经营活动都能顺利进行并取得成功。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。