违章建筑经营商铺，在符合法定条件和程序的情况下，是可以依法查封的。以下从多个角度进行分析：

1. 违章建筑的认定与性质：

   • 违章建筑通常指的是未经规划、建设等部门批准，擅自搭建的建筑物或构筑物。这类建筑违反了国家关于城乡规划、建设管理等方面的法律法规，因此其存在本身是不合法的。
   • 由于违章建筑的不合法性，其使用、收益等权利也受到限制。在违章建筑内进行经营活动，同样可能面临法律风险。

2. 查封的法律依据：

   • 根据《中华人民共和国城乡规划法》、《中华人民共和国行政强制法》等相关法律法规，对于违反城乡规划、建设管理规定的建筑物，行政机关有权依法采取查封、强制拆除等措施。
   • 当违章建筑被用于经营活动时，如果该经营活动违反了相关法律法规（如无证经营、消防安全不达标等），行政机关还可以依据相关法律法规对该商铺进行查封。

3. 查封的程序与条件：

   • 查封违章建筑经营商铺必须遵循法定程序，包括调查取证、告知权利、作出查封决定、执行查封等步骤。
   • 查封决定应当明确查封的理由、依据、期限以及被查封人的权利义务等内容。
   • 在查封过程中，行政机关应当保障被查封人的合法权益，不得滥用职权、侵犯财产权等。

4. 查封后的处理：

   • 查封后，行政机关应当对违章建筑进行进一步调查处理。如果确认该建筑确实属于违章建筑，且无法通过补办手续等方式使其合法化，那么行政机关有权依法强制拆除。
   • 如果被查封的商铺存在其他违法行为（如无证经营、偷税漏税等），行政机关还可以依法对其进行处罚。

5. 特殊情况下的考虑：

   • 在某些特殊情况下（如历史遗留问题、社会稳定因素等），对于违章建筑的处理可能会更加谨慎和复杂。但这并不意味着违章建筑可以逃避法律制裁，而是需要在综合考虑各种因素的基础上，寻求更加合理、妥善的解决方案。