针对您提出的“机动车管理人员指使驾驶员实施严重超员怎么罚”这一问题，我将结合相关法律法规和处罚标准，为您进行详细解答。
首先，需要明确的是，机动车管理人员指使驾驶员实施严重超员，这一行为本身就构成了对交通法规的严重违反。超员不仅会影响车辆的行驶安全，增加交通事故的风险，还会对乘客的生命安全构成严重威胁。
对于机动车管理人员的处罚：
行政处罚：
- 根据《中华人民共和国道路交通安全法》及相关规定，机动车管理人员指使、强迫驾驶员违反道路交通安全法律、法规和机动车安全驾驶要求驾驶机动车，造成道路交通事故，尚不构成犯罪的，由公安机关交通管理部门处二百元以上二千元以下罚款。若指使驾驶员实施严重超员，这一处罚标准同样适用，且可能因情节严重而面临更高额度的罚款。
刑事责任：
- 如果指使驾驶员实施严重超员的行为导致了严重的交通事故，如人员伤亡或重大财产损失，那么机动车管理人员还可能构成交通肇事罪或危险驾驶罪的共犯，需要承担相应的刑事责任。
对于驾驶员的处罚：
- 驾驶员作为直接实施超员行为的人，同样会受到法律的严惩。处罚标准根据车辆类型和超员比例的不同而有所差异，包括扣分、罚款等。例如，对于公路客运车辆和校车，超员20%以上将扣12分；对于7座以上载客汽车，超员100%以上也将扣12分。同时，驾驶员还可能面临罚款、暂扣或吊销驾驶证等处罚。
其他注意事项：
- 超员行为不仅会对驾驶员和管理人员造成法律后果，还会严重影响行车安全。超员会使车辆的实载质量增大，对车辆的转向性、制动性和轮胎性能等产生不利影响，从而增加交通事故的风险。
- 公安机关交通管理部门在发现超员行为时，会依法扣留机动车至违法状态消除，并对驾驶人进行相应的处罚。同时，对于运输单位的车辆，若经处罚不改，对直接负责的主管人员还可处以更高额度的罚款。
综上所述，机动车管理人员指使驾驶员实施严重超员是严重的交通违法行为，将面临行政处罚甚至刑事责任。驾驶员作为直接实施者，同样会受到法律的严惩。因此，我强烈建议机动车管理人员和驾驶员严格遵守交通法规，确保行车安全，避免因为超员而受到法律处罚及引发交通事故。