施工企业处理分包商提出的工程量变更申请时，需遵循严谨的流程并兼顾法律与合同要求，具体处理方式如下：

1. 审查变更申请的合法性与合同依据
   首先需核对分包合同中关于工程量变更的条款（如变更程序、审批权限、计价方式等）。若合同明确约定变更需经发包人（总包方）书面确认，或变更需满足特定条件（如设计变更、不可抗力等），则需优先按合同执行。
   法律依据：根据《民法典》第543条，合同变更需双方协商一致；若分包合同已约定变更程序，则需按约定履行，否则可能构成违约。

2. 核实变更事实与证据
   要求分包商提供变更的详细依据，包括但不限于：

   • 设计变更通知单（需经设计单位、监理单位签字确认）；
     
   • 现场签证单（需总包方、监理单位现场代表签字）；
     
   • 变更前后的工程量对比清单（需附计算过程及图纸标注）；
     
   • 因变更导致的工期延误或费用增加的合理说明。
     风险提示：若分包商无法提供有效证据，施工企业有权拒绝变更申请，避免后续纠纷。

3. 评估变更对工期、费用及质量的影响

   • 工期影响：若变更导致关键路径工期延长，需与分包商协商调整施工计划，并书面确认工期顺延的合理性；
     
   • 费用影响：根据合同约定（如固定单价、综合单价等）核算变更部分的费用，避免重复计价或漏项；
     
   • 质量影响：若变更涉及施工工艺或材料标准，需确认是否符合设计要求及规范，防止因变更导致质量隐患。
     实务建议：可要求分包商提交变更后的专项施工方案，并经监理单位审核通过后再实施。

4. 内部审批与书面确认
   变更申请需经施工企业内部审批流程（如项目经理、成本部门、法务部门等联合审核），确认变更的必要性、合规性及费用合理性后，以书面形式回复分包商。
   关键点：

   • 回复需明确是否同意变更、变更范围、计价方式及工期调整（如有）；
     
   • 避免口头承诺，所有变更均需留存书面记录（如会议纪要、工作联系单等）。

5. 签订补充协议或变更单
   若变更涉及重大费用或工期调整，建议与分包商签订补充协议，明确双方权利义务；若变更较小，可签署工程量变更确认单，作为结算依据。
   法律依据：根据《建设工程工程量清单计价规范》（GB50500-2013），工程量变更需经发承包双方确认后调整合同价款。

6. 后续跟踪与结算管理

   • 施工过程中需定期核对变更部分的完成情况，避免分包商虚报工程量；
     
   • 结算时需将变更部分单独列项，并按合同约定调整价款，防止重复计算或遗漏。
     

风险提示：若施工企业未按合同约定处理变更申请（如未及时回复、未留存书面记录等），可能导致分包商主张工期索赔或费用增加，甚至引发诉讼。因此，建议建立变更管理台账，全程留痕，降低法律风险。

如有具体合同条款或变更情形需要分析，可直接向我咨询，我会结合实际情况提供进一步建议。