药店未定期清理器械的处罚需根据具体违法情形及后果，结合《医疗器械监督管理条例》《药品管理法》等法规综合判定，可能面临警告、罚款、停业整顿甚至吊销许可证等处罚。具体分析如下：

1. 若未定期清理导致器械不符合“清洁标准”但未造成实际危害

• 处罚依据：根据《医疗器械监督管理条例》第89条，医疗器械使用单位未按照规定对医疗器械进行消毒、维护的，由县级以上药监部门责令改正，给予警告；拒不改正的，处1万元以上10万元以下罚款。
• 关键点：需证明药店存在“未定期清理”的客观事实（如检查记录、器械污损照片等），且器械清洁度不符合《医疗器械使用质量监督管理办法》等标准。

2. 若未清理导致器械污染，引发患者感染或健康损害

• 处罚升级：根据《医疗器械监督管理条例》第90条，若因器械污染造成医疗事故或严重后果，药店可能面临10万元以上30万元以下罚款，情节严重的责令停产停业，直至吊销《药品经营许可证》《医疗器械经营许可证》。
• 连带责任：若患者因感染受损，药店还需依据《民法典》第1218条承担医疗损害赔偿责任（如医疗费、误工费等）。

3. 若未清理行为伴随其他违规（如使用过期器械、未建立维护记录）

• 数罪并罚：药监部门可依据《药品管理法》第126条（未遵守药品经营质量管理规范）或《医疗器械监督管理条例》第88条（未建立医疗器械维护记录），合并处罚，罚款上限可能更高。
• 典型案例：某药店因未清理血压计导致交叉感染，且未记录维护情况，最终被罚15万元并停业整顿1个月。

4. 特殊情形：连锁药店或分支机构

• 主体责任：若违规行为发生在分支机构，总店可能因“未履行管理职责”被连带处罚（《医疗器械经营监督管理办法》第44条）。
• 信用惩戒：违规药店可能被纳入“严重违法失信名单”，影响招投标、政府采购等资格。

建议行动：

1. 立即自查器械清洁记录、维护台账，补全缺失流程；
   
2. 若已被处罚，可申请行政复议或诉讼，重点论证“清理行为与危害后果的因果关系”；
   
3. 日常建立“器械清洁-消毒-维护”标准化流程，保留照片、视频等证据。
   

如有具体案例细节（如器械类型、是否引发纠纷等），可进一步向我咨询，我会结合地方性法规提供更精准的应对方案。