废标是否会扣除保证金，这主要取决于废标的具体原因以及招标文件中的相关规定。以下是从不同角度对此问题的详细分析：
因围标等违规行为导致废标：
- 法律后果：围标行为严重违反了招投标的公平、公正原则，根据《中华人民共和国招标投标法实施条例》，投标人相互串通投标（即围标）的，中标无效，且可能面临罚款、取消投标资格、吊销营业执照等处罚。
- 保证金处理：在实践中，招标文件通常明确规定，若投标人存在围标等串标行为，招标人有权不退还投标保证金，以此作为对违规行为的经济惩戒，并维护招投标市场秩序。
因其他非违规原因导致废标：
- 可能的原因：废标可能由于技术性问题、资格不符、招标文件存在歧义或错误等非违规原因造成。
- 保证金处理：在这种情况下，保证金的处理方式应依据招标文件中的相关条款确定。招标文件可能会规定保证金应予以退还，或者根据实际情况进行部分扣除。若招标文件未明确规定，则通常应退还保证金，因为废标并非由投标人的违规行为导致。
争议解决途径：
- 争议点：对于是否构成围标以及保证金是否应退还存在争议时，投标人可以通过合法的途径来维护自己的权益。
- 解决方式：投标人可以通过行政复议、行政诉讼或仲裁等程序来确定争议。一旦经过法定程序认定不构成围标或其他违规行为，招标人应当退还投标保证金。
建议：
- 投标人：在参与招标前，应仔细阅读招标文件，了解相关规定和要求，特别是关于保证金退还的条款。同时，应遵守招投标法律法规，避免参与围标等违规行为，以免面临法律处罚和保证金被扣除的风险。
- 招标人：应在招标文件中明确规定保证金的处理方式，包括因不同原因导致废标时保证金的退还或扣除规则。这有助于确保招投标活动的公平、公正和透明，减少争议和纠纷的发生。
综上所述，废标是否会扣除保证金取决于废标的具体原因及招标文件中的相关规定。若因围标等违规行为导致废标，招标人有权不退还保证金；若废标由其他非违规原因造成，则保证金的处理方式应依据招标文件或相关法律规定进行。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。