与员工协商解除劳动合同支付的赔偿金，在符合特定条件下，是算入工资总额的，但这里的“赔偿金”更准确的说法应为“经济补偿”。具体分析如下：
一、经济补偿的支付条件与计算方式
支付条件：
- 当用人单位主动提出并与劳动者协商一致解除劳动合同时，根据《中华人民共和国劳动合同法》第四十六条的规定，用人单位需向劳动者支付经济补偿。
- 若劳动者主动提出并与用人单位协商一致解除劳动合同，且用人单位无违法情形（如未依法缴纳社保、未及时足额支付劳动报酬等），则用人单位通常无需支付经济补偿。但若用人单位存在上述违法情形，劳动者仍有权要求经济补偿。
计算方式：
- 经济补偿按劳动者在本单位工作的年限计算，每满一年支付一个月工资的标准。六个月以上不满一年的，按一年计算；不满六个月的，支付半个月工资的经济补偿。
- 月工资是指劳动者在劳动合同解除或终止前十二个月的平均工资，包括计时工资、计件工资、奖金、津贴和补贴等货币性收入。若劳动者工作不满12个月，则按照实际工作的月数计算平均工资。
- 若劳动者的月工资高于用人单位所在直辖市、设区的市级人民政府公布的本地区上年度职工月平均工资三倍的，向其支付经济补偿的标准按职工月平均工资三倍的数额支付，且支付经济补偿的年限最高不超过十二年。
二、经济补偿是否算入工资总额
工资总额的定义：
- 工资总额通常指的是用人单位在一定时期内直接支付给本单位全部职工的劳动报酬总额，包括计时工资、计件工资、奖金、津贴和补贴、加班加点工资以及特殊情况下支付的工资等。
经济补偿与工资总额的关系：
- 经济补偿是在劳动合同解除或终止时，用人单位根据法律规定向劳动者支付的一次性补偿，其性质与工资有所不同。然而，从广义上讲，经济补偿也是劳动者因提供劳动而获得的报酬的一部分，尤其是在用人单位提出解除劳动合同的情况下，经济补偿可以视为对劳动者过去劳动贡献的一种认可和补偿。
- 在实际操作中，经济补偿通常会被计入劳动者的总收入中，用于计算个人所得税、社保缴费基数等。同时，在统计工资总额时，如果经济补偿是在劳动合同解除或终止时一次性支付的，且符合工资总额的定义和范围，那么理论上也可以将其视为工资总额的一部分进行统计。但需要注意的是，这种统计方式可能因地区和具体政策而有所不同。
三、特殊情况与注意事项
特殊约定：
- 在协商过程中，双方可能基于特定因素（如员工对公司的特殊贡献、离职后的竞业限制等）达成高于或低于法定标准的补偿协议。但需注意，低于法定标准的补偿可能存在法律风险，应谨慎处理。
书面协议的重要性：
- 为避免后续纠纷，双方在协商解除劳动合同时应签订书面协议，明确解除原因、经济补偿等相关事项。这不仅是法律上的要求，也是保护双方权益的重要措施。
税务处理：
- 经济补偿在税务处理上可能有所不同。根据个人所得税法的相关规定，经济补偿可能被视为一次性收入，需要按照规定的税率缴纳个人所得税。因此，在支付经济补偿时，用人单位应依法代扣代缴个人所得税。
总结来说，与员工协商解除劳动合同支付的赔偿金（即经济补偿）在符合特定条件下可以视为工资总额的一部分进行统计和处理。但具体是否算入工资总额以及如何计算和税务处理等问题可能因地区和具体政策而有所不同。因此，在实际操作中建议咨询当地劳动部门或专业律师以获取更准确的指导和建议。如果你有进一步的法律问题或需要更详细的解释，请直接向我咨询。