集团公司股权由自然人还是法人持有更合理，这并没有一个绝对的答案，而是需要根据集团公司的具体情况、战略规划、税务筹划以及法律风险防控等多方面因素来综合考虑。以下是从不同角度对这一问题的分析：

一、自然人持股的优势与劣势

优势：

1. 决策灵活：自然人作为股东，可以直接参与公司决策，无需通过法人机构层层审批，决策过程相对灵活高效。
2. 税务筹划空间：在某些情况下，自然人持股可能享有更多的税务筹划空间，如利用个人所得税的优惠政策进行合理避税。
3. 股权转让便捷：自然人之间的股权转让相对简单，只需签订股权转让协议并办理相关登记手续即可。

劣势：

1. 法律风险：自然人作为股东，其个人财产与公司财产可能因法律关系不清晰而面临被追偿的风险，尤其是在公司破产或负债时。
2. 责任承担：自然人股东需以其个人财产对公司债务承担无限责任（在有限责任公司中，通常以出资额为限承担有限责任，但特定情况下可能突破此限制）。
3. 管理复杂性：随着集团公司规模的扩大，自然人股东可能难以有效管理多个子公司或业务板块，导致管理效率下降。

二、法人持股的优势与劣势

优势：

1. 风险隔离：法人作为股东，可以将其与公司的法律关系相对隔离，降低个人财产被追偿的风险。
2. 专业管理：法人股东通常具备更专业的管理能力和资源，能够更好地支持集团公司的战略发展。
3. 税务筹划：法人股东可以通过合理的税务筹划，如利用企业所得税的优惠政策、转移定价等手段，降低整体税负。
4. 融资便利：法人股东作为法人实体，更容易获得金融机构的融资支持，为集团公司提供资金保障。

劣势：

1. 决策流程复杂：法人股东决策通常需要经过内部审批流程，可能相对繁琐，影响决策效率。
2. 股权转让限制：法人股东之间的股权转让可能受到公司章程、合同或相关法律法规的限制，不如自然人股东之间转让便捷。
3. 双重征税：法人股东在获得股息红利时，可能需要缴纳企业所得税，而股息红利分配给自然人股东时，还需缴纳个人所得税，存在双重征税的问题。

三、综合建议

1. 考虑集团公司战略规划：如果集团公司计划进行多元化发展或跨地区经营，法人持股可能更有利于实现战略目标，因为法人股东可以更好地整合资源、提供专业支持。
2. 评估税务筹划需求：如果集团公司希望降低整体税负，可以综合考虑自然人持股和法人持股的税务筹划空间，选择最优方案。
3. 防范法律风险：无论选择自然人持股还是法人持股，都需要建立健全的法律风险防控机制，确保公司财产与股东财产的有效隔离。
4. 咨询专业律师：在做出决策前，建议咨询专业律师，对集团公司股权结构进行全面评估，确保决策合法合规、符合公司利益。

集团公司股权由自然人还是法人持有更合理，需要根据具体情况进行综合考虑。如果你有更具体的法律问题或需要进一步的法律建议，可以直接向我咨询。