公司收到个人归还的工程款后，应按照会计准则和财务制度进行入账处理，具体操作如下：

1. 确认款项性质与来源
   首先需明确该款项为个人归还的工程欠款，属于公司应收账款的收回。财务部门应核对原始合同、欠款记录、诉讼文书等，确认款项金额与性质无误。

2. 会计分录处理
   根据款项性质，通常做以下分录：

   • 借：银行存款（或现金）
     （金额为实际收到的款项）
     
   • 贷：应收账款——XX个人
     （金额为原欠款的账面金额）
     若存在利息或违约金，需单独核算：
     
   • 借：银行存款
     （利息部分）
     
   • 贷：财务费用——利息收入
     （或“营业外收入——违约金收入”）
     

3. 税务处理要点

   • 增值税：工程款属于建筑服务收入，若原欠款已开具发票且未冲红，收回款项时一般无需重复开票；若涉及利息或违约金，需按“金融服务”或“其他收入”缴纳增值税。
     
   • 企业所得税：收回的工程款本金不计入收入，但利息或违约金需计入应纳税所得额，缴纳企业所得税。
     
   • 凭证要求：需保留诉讼文书、执行裁定书、收款凭证等作为税前扣除依据。

4. 特殊情形处理

   • 坏账转回：若原欠款已计提坏账准备，收回时需冲回坏账：
     
     • 借：应收账款——XX个人
       
     • 贷：坏账准备
       
     • 同时按上述分录确认收款。
       
   • 跨年度处理：若涉及以前年度欠款，需通过“以前年度损益调整”科目核算，避免影响当期利润。

5. 合规建议

   • 完善内部流程：建议公司建立诉讼回款专项台账，记录款项来源、金额、时间及对应合同，便于审计与税务核查。
     
   • 咨询专业机构：若涉及复杂税务问题（如跨税种、跨年度调整），可进一步向我咨询具体操作方案。
     

提示：以上处理需以公司实际财务制度为准，若存在特殊约定（如分期还款、债务重组），需调整会计与税务处理方式。如有疑问，可直接向我提供具体细节，我会进一步分析。