针对公司偷税漏税并已进行补税的情况，以下是一套详细且深入的处理建议，旨在帮助公司合法合规地解决问题，并预防未来类似风险的发生：
一、立即停止违法行为并内部沟通
立即停止：一旦发现公司存在偷税漏税行为，必须立即停止所有相关不当操作，如虚开发票、隐瞒收入等，以避免进一步的法律风险。
内部沟通：
- 与财务部门、管理层或法定代表人进行紧急沟通，明确指出行为的违法性和潜在后果，督促其立即采取措施纠正。
- 若直接沟通效果不佳，可向公司的监事会或内部审计部门反映情况，提供相关证据，请求其介入调查和处理。
二、内部自查与整改
组织自查：
- 成立由财务、税务和法务专业人员组成的自查小组，对公司税务情况进行全面审查，包括账目、发票、合同等，确保不遗漏任何问题。
- 找出偷税漏税的具体环节和原因，为后续整改提供依据。
补缴税款及滞纳金：
- 根据自查结果，准确计算应补缴的税款金额和滞纳金，确保计算无误。
- 按照税务机关的要求，及时足额地补缴税款和滞纳金，以减轻可能的法律处罚。
加强内部控制：
- 完善公司的财务管理制度和税务合规机制，确保所有财务活动都符合税法规定。
- 加强对财务人员的培训和管理，提高其税务意识和合规意识。
三、配合税务机关调查与沟通
提供资料：
- 积极配合税务机关的调查工作，如实提供与案件有关的账簿、记账凭证、报表和其他资料。
- 确保提供的资料真实、完整、准确，不隐瞒或歪曲事实。
接受询问：
- 对于税务机关的询问，应如实回答，不得隐瞒或谎报。
- 如有需要，可请求税务机关给予一定的准备时间，以确保回答准确无误。
沟通协商：
- 在补缴税款和滞纳金的过程中，与税务机关保持密切沟通，了解处理进度和可能的结果。
- 如有异议或困难，可与税务机关协商解决方案，争取从轻或减轻处罚。
四、争取从轻或减轻处罚
自首情节：
- 如果公司在税务机关尚未掌握其偷税漏税事实之前，主动交代并补缴税款，可以视为自首，有助于从轻或减轻处罚。
- 主动向税务机关提交自查报告和补缴税款证明，表明公司的诚意和决心。
积极整改：
- 展示公司积极整改的决心和行动，如完善内部管理制度、加强税务培训等。
- 向税务机关提交整改计划，并定期报告整改进度和效果。
五、寻求专业法律帮助与预防未来风险
咨询律师：
- 在处理偷税漏税问题时，建议咨询专业的税务律师或法律顾问，以确保公司的权益得到充分保障。
- 律师可以提供法律意见和指导，帮助公司制定合适的应对策略。
预防未来风险：
- 制定严格的税务管理制度和流程，确保未来的税务申报和缴纳工作合法合规。
- 定期进行内部审计和风险评估，及时发现并纠正潜在的问题。
- 加强员工的税务法规培训，提高税务意识和法律意识，形成全员合规的文化氛围。
六、加强后续监督与管理
建立监督机制：
- 设立专门的税务监督岗位或部门，负责监督公司的税务合规情况。
- 定期对公司的税务活动进行审查和评估，确保持续合规。
持续改进：
- 根据税务机关的要求和公司的实际情况，不断改进税务管理制度和流程。
- 关注税法变化和政策调整，及时调整公司的税务策略，确保合法合规运营。
通过以上措施的实施，公司可以合法合规地解决偷税漏税问题，并预防未来类似风险的发生。同时，公司也应认识到偷税漏税行为的严重性和后果，加强内部管理，提高员工的税务意识和合规意识，确保公司的长期稳定发展。