针对您提出的“承租房同住人搬离但户口仍在，动迁时是否有补偿以及是否合法”的问题，以下是我根据相关政策法规给出的详细解答：

首先，我们需要明确的是，公房的征收补偿问题主要依据的是《上海市国有土地上房屋征收与补偿实施细则》等相关政策。根据这些政策，房屋征收补偿协议应当由房屋征收部门与被征收人、公有房屋承租人签订，并按户进行补偿。

对于您提到的承租房同住人搬离但户口仍在的情况，关键在于判断该同住人是否仍被视为“共同居住人”。根据政策，共同居住人通常指的是在承租房屋处有本市常住户口，并且实际居住一定时间（具体时间可能因地区政策而异，但一般会有明确规定）的人员。如果同住人虽然户口仍在承租房内，但已经长期搬离且不再实际居住，那么他们可能不再被视为共同居住人。

接下来，我们分析动迁补偿的归属问题：

1. 如果承租人仍在世：

   • 征收居住房屋的，被征收人（即房屋所有权人或公有房屋承租人）取得货币补偿款、产权调换房屋后，应当负责安置房屋使用人。
   • 公有房屋承租人所得的货币补偿款、产权调换房屋归公有房屋承租人及其共同居住人共有。
   • 在此情况下，如果搬离的同住人不再被视为共同居住人，则他们可能无权直接分享征收补偿款。

2. 如果承租人已经去世：

   • 根据政策，公有居住房屋承租人死亡的，其生前的共同居住人在该承租房屋处有本市常住户口的，可以继续履行租赁合同。
   • 如果该处无本市户籍同住人，或者承租人生前无共同居住人，则其生前有本市常住户口的配偶和直系亲属可以继续履行租赁合同。
   • 在此情况下，如果搬离的同住人既不是承租人的配偶也不是直系亲属，且不再被视为共同居住人，则他们同样可能无权直接分享征收补偿款。

至于您提到的“是否合法”的问题，如果征收部门在认定共同居住人时严格遵循了相关政策法规，并且给予了合理的解释和说明，那么他们的做法通常是合法的。当然，如果您对征收部门的认定有异议，您可以通过法律途径进行申诉或咨询专业律师以获取更具体的法律建议。

最后，我想强调的是，每个地区的政策法规可能有所不同，且具体情况需要具体分析。因此，如果您在面临动迁补偿问题时遇到困惑或争议，建议您及时咨询当地的房屋征收部门或专业律师以获取更准确和具体的解答。