结论：执业医师能否在两个店执业需分情况讨论，主要取决于其执业注册范围、是否符合多点执业规定以及是否履行相关备案或审批手续。以下为具体分析：

1. 若医师仅在一个执业地点注册，原则上不能同时在两个店执业
   根据《医师执业注册管理办法》，医师需在注册的执业地点（通常为一家医疗机构）从事执业活动。若未办理多点执业备案或审批，擅自跨机构执业可能构成“超范围执业”或“非法行医”，面临警告、罚款甚至吊销执业证书的行政处罚（《医师法》第五十七条）。

2. 若医师符合多点执业条件并履行手续，可合法在两个店执业
   根据《医师执业注册管理办法》及地方政策，医师满足以下条件可申请多点执业：

   • 资质要求：具有中级及以上专业技术职务任职资格，或已取得主治医师及以上职称；
     
   • 机构要求：第一执业地点同意，且新增执业地点为同一省（区、市）内符合条件的医疗机构；
     
   • 手续要求：需向卫生行政部门申请多点执业备案或审批，并在医师执业证书中登记新增执业地点。
     例外：部分地区（如自由贸易试验区）可能试点更宽松的多点执业政策，需以当地规定为准。

3. 特殊情形：远程医疗或互联网诊疗
   若医师通过互联网平台为两个店的患者提供诊疗服务，需符合《互联网诊疗管理办法（试行）》要求：

   • 医师需在注册的医疗机构备案互联网诊疗科目；
     
   • 诊疗活动需通过医疗机构统一平台开展，不得私自接诊；
     
   • 不得对首诊患者开展互联网诊疗（急诊除外）。
     若未满足条件，仍可能构成违规执业。

建议：

• 医师需先确认自身资质及第一执业地点政策，再向拟新增执业地点的卫生行政部门咨询具体要求；
  
• 医疗机构若聘用未办理多点执业手续的医师，可能面临连带责任（《医疗机构管理条例》第四十七条）；
  
• 如有进一步疑问，可直接向我咨询具体操作流程或风险防范措施。