若明知对方虚开发票且已冲红，处理方式需分情况讨论，核心原则是及时采取补救措施并防范法律风险，具体如下：

1. 若尚未因虚开发票行为产生实际损失（如未被税务机关稽查、未被要求补税或罚款）

• 立即停止与对方的合作：虚开发票属于违法行为，无论是否冲红，均可能涉及行政责任甚至刑事责任。冲红仅是发票流转环节的补救措施，不改变虚开发票行为的违法性本质。
• 自查并整改自身税务合规问题：检查企业是否已将虚开发票涉及的交易纳入税务申报（如增值税、企业所得税），若已申报，需通过合法途径（如补充真实发票、调整账目）更正申报数据，避免因“善意取得虚开发票”外的情形被认定为“恶意取得”。
• 保留证据：保存与对方沟通的记录（如邮件、聊天记录）、冲红发票的原件及复印件、合同等，以证明自身对虚开发票行为不知情或已采取合理措施防范风险。

2. 若已被税务机关稽查或收到补税、罚款通知

• 积极配合调查：如实说明情况，提供冲红发票、合同、付款凭证等证据，证明自身未参与虚开发票的策划或实施，且已采取补救措施。
• 区分责任类型：
  • 行政责任：根据《税收征收管理法》第六十四条，虚开发票的直接责任人可能被处以罚款（如未缴或少缴税款50%至5倍的罚款）；若企业被认定为“善意取得虚开发票”，可能仅需补缴税款及滞纳金，但需提供充分证据证明交易真实性。
  • 刑事责任：若虚开发票金额较大（如增值税专用发票税额10万元以上），可能涉嫌《刑法》第二百零五条规定的“虚开增值税专用发票罪”，直接责任人可能面临有期徒刑、拘役或罚金。此时需立即委托律师介入，通过辩护争取从轻或减轻处罚（如自首、立功、认罪认罚等）。

3. 若对方涉嫌犯罪且自身可能被牵连

• 主动向税务机关或公安机关报案：若发现对方存在大规模虚开发票、骗取税款等行为，主动报案可证明自身无主观故意，降低被认定为共犯的风险。
• 申请“善意取得”认定：根据《国家税务总局关于纳税人取得虚开的增值税专用发票处理问题的通知》（国税发〔1997〕134号），若企业能证明交易真实、付款对象与发票开具方一致、未参与虚开行为，可申请不按偷税或骗取出口退税处理，仅需补缴税款及滞纳金。

4. 长期合规建议

• 完善内部税务风控机制：建立发票审核流程（如核对供应商资质、交易合同、物流单据等），避免接受异常发票（如大额现金交易、无实际业务背景的发票）。
• 定期培训财务人员：确保其熟悉税法规定，能识别虚开发票的常见形式（如“富余票”“代开发票”等）。
• 咨询专业律师或税务师：针对复杂交易（如关联交易、跨境交易），提前规划税务合规方案，降低法律风险。

总结：明知对方虚开发票后，无论是否冲红，均需立即停止合作、自查整改，并根据是否已被稽查、是否可能被牵连等情形采取针对性措施。若涉及刑事风险，务必委托律师介入辩护。如有进一步疑问，可直接向我咨询具体操作细节。