结论：根据现行法律规定，贪污2000元扶贫款的行为可能构成贪污罪，若被依法追究刑事责任，则参选村主任将受到限制；若未被追究刑事责任，理论上可参选，但实践中可能因道德或纪律审查不通过。

1. 法律层面：贪污行为的定性及后果

根据《中华人民共和国刑法》第三百八十二条，国家工作人员利用职务上的便利，侵吞、窃取、骗取或以其他手段非法占有公共财物的，构成贪污罪。村干部虽非典型国家工作人员，但若在协助政府从事扶贫款管理等行政管理工作时，可能被认定为“其他依照法律从事公务的人员”，从而适用贪污罪。

• 数额标准：根据《最高人民法院、最高人民检察院关于办理贪污贿赂刑事案件适用法律若干问题的解释》，贪污数额在3万元以上不满20万元的，应认定为“数额较大”，依法处三年以下有期徒刑或拘役。但若存在“贪污救灾、抢险等特定款物”等情节，即使未达3万元，也可能被追究刑事责任。
  
• 本案分析：2000元虽未达普通贪污罪的起罚点，但若属于扶贫款等特定款物，可能因情节严重被追究刑事责任。若被法院认定构成贪污罪，将留下刑事犯罪记录。

2. 参选村主任的资格限制

根据《中华人民共和国村民委员会组织法》第十三条，参选村主任需满足以下条件：

• 年满十八周岁；
  
• 户籍在本村或在本村居住满一年；
  
• 未被剥夺政治权利。
  

关键限制：若因贪污行为被判处刑罚，在服刑期间或刑罚执行完毕未满五年内，将丧失参选资格（依据《村民委员会组织法》第十三条及《刑法》第五十四条）。

• 本案情形：若贪污2000元扶贫款被追究刑事责任，即使未达“数额较大”标准，但若因情节严重被判处刑罚（如拘役），则在刑罚执行期间及执行完毕后五年内不得参选。
  
• 未被追究刑事责任：若仅受到行政处分（如警告、记过）或纪律处分，未被剥夺政治权利，理论上可参选，但实践中可能因道德审查或村民反对而受阻。

3. 实践中的综合考量

即使法律上未完全禁止参选，实践中还需考虑以下因素：

• 道德审查：村主任作为基层自治组织负责人，需具备较高道德水准。贪污行为可能引发村民信任危机，导致参选失败。
  
• 纪律处分：若贪污行为违反党内纪律（如中共党员），可能受到党纪处分，影响参选资格。
  
• 政策导向：国家对扶贫领域腐败“零容忍”，即使数额较小，也可能因政策从严被取消参选资格。

建议

若您或他人涉及此类情形，建议：

1. 主动向相关部门说明情况，争取从轻处理；
   
2. 咨询律师评估法律风险，制定合规方案；
   
3. 关注当地参选政策，确保符合所有资格要求。
   

如有进一步疑问，可直接向我咨询，我将结合具体案情提供详细解答。