针对您提出的“现役军人和第三者有了孩子怎么处理”这一问题，这确实是一个复杂且敏感的情况，需要我们从法律、情感以及孩子权益等多个角度来综合考虑。以下是我为您提供的详细解答：
一、法律层面的处理
破坏军婚罪的认定与处理：
- 根据我国刑法的规定，如果第三者明知对方是现役军人的配偶，仍然与之同居或者结婚，那么这种行为就构成了破坏军婚罪，可能会面临三年以下有期徒刑或者拘役的刑事处罚。
- 现役军人本人或其近亲属可以向当地的军队保卫部门或地方公安机关提出控告，要求刑事立案侦查，并提供相关证据来支持控告。
民事离婚及权益分配：
- 如果军人一方决定离婚，他可以向部队提出申请，并按照军队的规定和法律程序来办理离婚手续。在财产分配上，由于对方存在过错，法律可能会适当倾向于军人一方。
- 如果军人不同意离婚，除非军人一方有重大过错，否则非军人一方提出离婚需要得到军人的同意。
亲子关系与抚养权的确定：
- 可以通过亲子鉴定等科学手段来确认孩子与第三者的亲子关系。
- 孩子的抚养权归属将综合考虑孩子的年龄、双方的抚养能力和条件等因素，以最有利于孩子成长为原则进行判决。如果第三者有抚养能力，孩子可能会判给其抚养，但军人配偶需要支付相应的抚养费。
二、证据收集与诉讼建议
- 证据的重要性：在处理这类问题时，证据是至关重要的。您可以收集聊天记录、通话记录、电子邮件、租房合同、水电费缴费记录以及证人证言等证据来支持您的主张。
- 合法性要求：收集证据的过程必须合法，非法手段获取的证据可能不会被法院采纳。
- 协商与诉讼：在可能的情况下，尝试通过协商来解决问题，包括抚养权、抚养费以及财产分割等。如果协商不成或者情况复杂，建议您咨询专业律师并通过诉讼方式来寻求法律救济。
三、特别关注孩子的利益
- 在整个处理过程中，孩子的利益应该是我们最关注的。尽量减少对孩子的影响和伤害，考虑孩子的心理和情感需求，为其提供必要的支持和关爱。
四、心理支持与情感关怀
- 这类情况往往伴随着强烈的情感波动和心理压力，建议您寻求专业的心理支持来缓解情绪。
- 与家人、朋友或者专业人士分享您的感受，获得情感上的支持和理解，这将有助于您更好地应对这一挑战。
综上所述，处理现役军人和第三者有了孩子的问题需要谨慎而周全的考虑。在采取任何行动之前，请务必了解法律规定、收集充分证据，并咨询专业律师以确保您的决策合法、合理且有利于各方利益。同时，也要特别关注孩子的利益和情感需求，为其提供必要的支持和关怀。希望这些建议能对您有所帮助。