购买合作建房协议套房的合法性需分情况讨论，具体取决于合作建房项目的合法性、合同内容以及购房者的身份等因素。以下是对此问题的详细分析：
合法情形
项目合法且手续完备：
- 如果合作建房项目已经依法取得土地使用权，并按照城乡规划要求取得了建设工程规划许可证等相关审批文件，且合作建房合同内容合法、合规，那么购买此类合作建房协议套房是合法的。
- 举例：某开发商与村集体合作，在符合规划的集体建设用地上开发建设住宅项目，并依法办理了相关审批手续。购房者与开发商签订购房合同，购买该项目中的房屋，这种交易是合法的。
购房者身份符合规定：
- 在某些情况下，合作建房可能仅限于特定群体，如村集体经济组织成员。如果购房者属于该特定群体，且合作建房项目合法，那么购买合作建房协议套房也是合法的。
不合法情形
项目违法或手续不全：
- 如果合作建房项目未取得土地使用权，或者未按照城乡规划要求取得相关审批文件，属于违法建筑，那么购买此类合作建房协议套房是不合法的。
- 举例：某开发商未经批准，在农村集体土地上违规进行合作建房，并向非本集体经济组织成员销售房屋。这种交易通常会被认定为无效，购房者可能面临房屋被拆除、购房款无法追回等风险。
购房者身份不符合规定：
- 如果合作建房项目仅限于特定群体，而购房者不属于该群体，那么购买合作建房协议套房也可能不合法。
- 举例：某合作建房项目仅限于村集体经济组织成员购买，但非成员通过不正当手段购买了房屋。这种交易可能因违反相关规定而被认定无效。
合同内容违法或存在欺诈：
- 如果合作建房合同内容违反法律法规的强制性规定，或者存在欺诈、胁迫等情形，那么合同可能无效或被撤销，购房者购买此类房屋也将面临法律风险。
法律建议
审查项目合法性：
- 在购买合作建房协议套房前，购房者应仔细审查项目的合法性，包括土地使用权、建设规划许可等审批文件是否完备。
核实购房者身份：
- 购房者应确认自己是否属于合作建房项目允许的购房群体，避免因身份不符而导致交易无效。
审查合同内容：
- 购房者应仔细审查合作建房合同的内容，确保合同条款合法、合规，不违反法律法规的强制性规定，且不损害他人合法权益。
寻求法律帮助：
- 如果购房者对合作建房项目的合法性、合同内容等存在疑问，应及时向我咨询，以确保交易的合法性和安全性。
总结来说，购买合作建房协议套房的合法性取决于多个因素，包括项目的合法性、购房者身份以及合同内容等。购房者在购买前应仔细审查相关因素，并寻求专业法律帮助，以降低法律风险。