从别人车上拿两个空纸箱是否违法，需分情况讨论：

1. 若纸箱属于遗忘物或无主物：

   • 如果纸箱是车主遗忘在车上的，且车主已明确表示放弃或无法联系到车主，同时你拿取纸箱的行为并未对车主造成实际损失或影响，那么这种行为通常不构成违法。但需注意，即便如此，也建议尽量通过合理方式联系车主，确认其是否放弃纸箱，以避免不必要的纠纷。

2. 若纸箱属于车主所有且未放弃：

   • 若未经车主同意：如果你未经车主同意，擅自拿取其车上的纸箱，即使纸箱是空的，也可能构成对车主财产权的侵犯。根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，财产权受法律保护，任何组织或者个人不得侵犯。车主有权要求你返还纸箱，并可能因你的行为遭受的损失要求赔偿。
   • 若车主发现并追究：如果车主发现你拿取了其纸箱，并选择追究你的责任，你可能需要承担民事责任，如返还纸箱、赔偿损失等。在极端情况下，如果车主认为你的行为构成了盗窃（尽管纸箱价值可能不高），并选择报警，你还可能面临行政处罚或刑事责任，尽管这种情况较为罕见，但仍需谨慎对待。

3. 特殊情况考虑：

   • 纸箱价值：虽然纸箱本身价值可能不高，但法律对财产权的保护并不以价值高低为转移。即使纸箱是空的，也不意味着你可以随意拿取。
   • 行为动机：你的行为动机也是考虑因素之一。如果你是出于恶作剧、报复或其他不良动机拿取纸箱，即使纸箱价值不高，也可能被视为对车主的不尊重或侵犯，从而引发不必要的纠纷。

法律建议：

• 尊重他人财产权：无论纸箱是否为空，都应尊重车主的财产权，未经允许不得擅自拿取。
• 合理沟通：如果你认为纸箱可能是遗忘物或无主物，建议通过合理方式联系车主，确认其是否放弃纸箱。
• 避免纠纷：在日常生活中，应尽量避免因小事而引发不必要的纠纷。如果拿取纸箱的行为可能引发争议，最好选择放弃或寻求其他解决方案。

可能后果：

• 如果未经允许拿取纸箱，可能面临车主的民事索赔要求。
• 在极端情况下，如果车主认为你的行为构成了盗窃并选择报警，你可能面临行政处罚或刑事责任（尽管这种情况较为罕见）。

总之，从别人车上拿两个空纸箱是否违法，取决于纸箱的所有权状态、你的行为是否经过车主同意以及车主是否选择追究你的责任。为了避免不必要的纠纷和法律风险，建议尊重他人财产权，未经允许不得擅自拿取他人财物。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。