在允许合同分包的情况下，分包协议是否需要交给招标人，这主要取决于招标文件中的具体要求以及相关法律法规的规定，但通常情况下，若招标文件有明确要求或涉及特定项目，分包协议是需要交给招标人的。以下从几个方面进行详细分析：
一、招标文件的要求
明确规定：如果招标文件在分包条款中明确规定了分包协议需要提交给招标人进行备案或审批，那么承包人必须按照这一要求执行。这是招标文件对承包人的一种约束，也是确保招标项目顺利进行和保障招标人权益的一种方式。
未明确规定：如果招标文件没有明确规定分包协议需要提交给招标人，那么承包人可能不需要主动提交。然而，在实际操作中，为了保持与招标人的良好沟通和合作，以及避免可能的纠纷，承包人可能会选择将分包协议的主要内容或关键条款告知招标人。
二、相关法律法规的规定
一般规定：在一般的合同法律框架下，分包协议是承包人与分包人之间的内部协议，通常不需要提交给第三方（如招标人）进行备案或审批。但是，这并不意味着承包人可以完全忽视招标人的意见和利益。
特定项目规定：对于某些特定项目，如政府采购项目、大型基础设施建设项目等，相关法律法规可能规定了分包协议需要提交给招标人或相关监管部门进行备案或审批。这是为了确保项目的合规性、透明度和公平性。
三、实际操作建议
仔细阅读招标文件：在参与招标项目时，承包人应仔细阅读招标文件中的分包条款和相关要求，确保自己完全理解并遵守这些规定。
与招标人沟通：如果招标文件对分包协议的提交没有明确规定，或者承包人对相关规定存在疑问，建议与招标人进行沟通，明确双方的权利和义务。
保留相关证据：无论分包协议是否需要提交给招标人，承包人都应保留好与分包人签订的分包协议及相关证据，以备不时之需。
四、可能的风险与后果
违约风险：如果承包人未按照招标文件的要求提交分包协议，可能构成违约行为，需要承担相应的违约责任。
纠纷风险：如果分包协议的内容与招标文件的要求存在冲突或不一致，可能导致承包人与招标人之间产生纠纷，影响项目的顺利进行。
总结来说，在允许合同分包的情况下，分包协议是否需要交给招标人主要取决于招标文件的具体要求和相关法律法规的规定。为了确保项目的顺利进行和保障双方的权益，建议承包人在参与招标项目时仔细阅读招标文件、与招标人进行沟通，并保留好相关证据。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。